در مطالعات پلانکتونی تالاب انزلی طی سالهای 1376 تا 1379 در مجموع 5 شاخه و 62 جنس فیتوپلانکتونی و 10 شاخه و 50 جنس زئوپلانکتونی شناسایی شدند. در بررسیهای فیتوپلانکتونی بترتیب شاخه های سیانوفیتا با میانگین تراکم 22874752 عدد در لیتر و فراوانی 61.22 درصد، کریزوفیتا با میانگین تراکم 10784283 عدد در لیتر و فراوانی 29.12 درصد و کلروفیتا با میانگین تراکم 3050470 عدد در لیتر و فراوانی 8.24 درصد بیشترین فراوانی فیتوپلانکتونی را نشان داده و شاخه های اوگلنوفیتا و پیروفیتا در مقایسه جمعیت ناچیزی داشته اند. در بررسیهای زئوپلانکتونی نیز بترتیب شاخه های روتاتوریا با میانگین تراکم 599 عدد در لیتر و فراوانی 60.80 درصد، از شاخه بندپایان، راسته پاروپایان و مرحله ناپلی آن با تراکم 169 عدد در لیتر، با فراوانی 17.23 درصد و از پروتوزوآ (شاخه های ریزوپودا، اکتینوپودا و سیلیوفورا) با میانگین تراکم 159 عدد در لیتر و فراوانی 16.17 درصد بالاترین جمعیت زئوپلانکتونی را نشان داده و سایر گروهها از فراوانی چندانی برخوردار نبودند. مطالعات نشان داده اند که منطقه تالاب غرب (آبکنار) منطقه ای غنی از پلانکتون بوده که شاخه غالب فیتوپلانکتونی در آن مربوط به سیانوفیتا با جنسهای Anabaenopsis, Oscillatoria و Microcystis می باشد. زئوپلانکتونهای غالب در این منطقه نیز مربوط به شاخه های Rotatoria با جنسهای Keratella, Brachionus و Polyarthera و از شاخه بندپایان، راسته پاروپایان، گونه های مختلف Cyclops و ناپلی آنها بوده است. نتایج مطالعات پلانکتونی نشان دادند که تالاب انزلی از جمله غنی ترین تالابهای داخلی است، زیرا توان تولید غذای زنده در آن جهت تغذیه ماهیان و لاروهای آنان وجود دارد.