1ویروس کوتولگی گوجه (Prune dwarf virus, PDV) به عنوان یک عامل بیماری زا مهم در درختان گیلاس (Prunus avium L.)، شناخته شده است و خسارت جدی به درختان هسته دار می رساند. در بهار سال 1401 نمونه برداری از مجموعه درختان باغ گیلاس ایستگاه تحقیقات گلمکان مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی خراسان رضوی، انجام شد. نمونه های جمع آوری شده دارای علائم کوتولگی، میوه های لکه دار، کاهش رشد جوانه ها بودند و فاصله ی میانگره های شاخه نسبت به گیاهان سالم کمتر بود. برای ردیابی ویروس از آزمون رونویسی معکوس با پرایمرهای اختصاصی مبتنی بر ژن پروتئین حرکتی ویروس استفاده شد. قطعات 756 نوکلئوتیدی حاصل از الکتروفورز تکثیر شده پس از خالص سازی، ایزوله گلمکان توالی یابی شد. ترادف به دست آمده با استفاده از بلاست در پایگاه NCBI با ترادف های موجود در بانک ژن مقایسه شد و بیشترین شباهت با جدایه بلغارستان (%7/99MT152176, ) و کمترین شباهت با جدایه هلند (%8/88HM021231, ) مشاهده شد. درخت تبارزائی بر پایه پروتئین حرکتی ترسیم شد و جدایه های PDV در دو گروه مجزا قرار گرفتند و جدایه گلمکان در گروه I درخت فیلوژنتیک قرار گرفت. مقایسه توالی پروتئین حرکتی جدایه های ویروس نشان داد توالی های اسیدآمینه پروتئین حرکتی و دامنه اتصال به RNA پروتئین حرکتی در میان ویروس کوتولگی گوجه بسیار حفاظت شده است. در این پژوهش برای اولین بار توالی ویروس کوتولگی گوجه از ایران از باغ گیلاس در ژن بانک با رس شماره OR541106 ثبت شد و تحلیل تبارزائی ویروس کوتولگی گوجه با تمرکز بر ژن پروتئین حرکتی بررسی شد.

هدف: ویروس موزائیک یونجه (AMV) یکی از مهم ترین ویروس های گیاهی در ایران و جهان می باشد. هدف از این تحقیق، مطالعه ی تعدادی از جدایه های ایرانی این ویروس بر اساس ترادف ژن MP، بررسی موقعیت تبارزائی آن ها و مقایسه ی آن با ژن CP می باشد. مواد و روش ها: طی سال های 1393 تا 1396، از مزارع یونجه شش استان کشور (کرمان، هرمزگان، اصفهان، فارس، خوزستان و گلستان) بازدید گردید و از بوته های مشکوک (یونجه و علف هرز) نمونه گیری شد. جهت بررسی آلودگی نمونه ها، از آزمون الایزا و همچنین RT-PCR استفاده گردید. از بین جدایه های بررسی شده، 20 جدایه شامل 17 جدایه از گیاه یونجه و سه جدایه از علف های هرز نام های شیرتیغی ( L. . Sonchus oleraceus)، سلمه تره ( L. . Chenopodium amaranticolor) و بارهنگ (Plantago ovate L. )، جهت مطالعه مولکولی انتخاب و به دنبال آن موقعیت تاکسونومیکی جدایه های این ویروس بر اساس ژنوم کامل پروتئین حرکتی و همچنین ناحیه ای از آن مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج: رسم درخت تبارزایی بر اساس طول کامل ژن پروتئین حرکتی ویروس نشان داد که جدایه ها در دو گروه I و II قرار می گیرند که هر گروه نیز به دو زیر گروهA وB تقسیم می شوند. اکثر جدایه های ایرانی به تنهایی در گروه II واقع گردیده و تمامی جدایه های انتخاب شده از بانک ژن به همراه دو جدایه از ایران با رس شماره های KX535456 و KX535454در زیر گروه IA قرار گرفتند. اما زیر گروه IB نیز منحصر به سه جدایه ایرانی (رس شماره های KX535462، KX535458 و KX535460) است. در حالیکه براساس درخت تبارزایی بخشی از ژن یاد شده (468 نوکلئوتید) اکثر جدایه های ایرانی به همراه یک جدایه از اسپانیا (JQ691163) زیر گروه جدیدی را تشکیل دادند. نتیجه گیری: یافته های حاصل از این تحقیق نشان داد ترادف ژن پروتئین حرکتی برای تعیین روابط تبارزائی جدایه های AMV موفق عمل نمود. از آنجائیکه گیاه یونجه بومی خاور نزدیک و آسیای مرکزی است احتمالا این ویروس از تنوع ژنتیکی نسبتا بالائی در ایران برخوردار می باشد.

ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی (Tomato yellow leaf curl virus, TYLCV) از مهمترین بیمارگرهای مناطق گرمسیری و نیمه گرمسیری است. طی سال های 1396-1395، تعداد 393 نمونه گوجه فرنگی دارای علائم بیماری پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی از شش استان مختلف عراق جمع آوری شد. در آزمون ساندویچ دوطرفه الایزا (DAS-ELSA)، 55 نمونه (14 درصد) با آنتی بادی های اختصاصی TYLCV واکنش مثبت نشان داد. پس از استخراج دی. ان. ا کل، آلودگی 21 (از 55) نمونه با واکنش مثبت در الایزا به TYLCV با واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) تایید و ژن پروتئین پوششی V1 16جدایه از ویروس با استفاده از جفت آغازگر اختصاصی تکثیر، همسانه سازی و تعیین ترادف شد. براساس همردیف سازی ترادف نوکلئوتیدی، بالاترین میزان یکسانی نوکلئوتیدی ژن پروتئین پوششی این جدایه ها (6/99-1/94 درصد) با جدایه های این ویروس از کویت (KJ830841) و عراق (JQ354991) تعیین شد. در تحلیل تبارزایی براساس ترادف نوکلئوتیدی V1، جدایه های عراق، بدون ارتباط با منشا جغرافیایی، در دو گروه و چهار زیرگروه قرار گرفتند. شاخص های تنوع ژنتیکی براساس این ناحیه ژنومی ویروس حاکی از وجود تنوع ژنتیکی زیاد در زیرجمعیت های عراقی بود. نسبت جانشینی های نامترادف به جانشینی های مترادف Pi(a)/Pi(s) کمتر از یک (1>) این ژن، نشان دهنده تاثیر فشار انتخابی منفی روی آن می باشد. همچنین جریان ژنی کمی بین دو زیرجمعیت مرکزی و جنوبی عراق تعیین شد که نشان دهنده تمایز ژنتیکی جدایه ها در این نواحی از کشور می باشد. این مطالعه اولین پژوهش در خصوص بررسی پراکنش جغرافیایی و تنوع ژنتیکی TYLCV در عراق می باشد. تعیین ترادف نوکلئوتیدی ژنوم کامل جدایه ها به منظور تعیین سویه ویروس ضروری می باشد.

ویروس نوار زرد تره فرنگیLeek yellow stripe virus-LYSV) ) متعلق به جنس Potyvirus و خانواده Potyviridae، به عنوان یکی از بیمارگرهای غالب و مهم با بیماری زایی بالا در میزبان سیر معرفی شده است. در این مطالعه به منظور شناسایی LYSV، نمونه برداری از استان خوزستان، شهرستان شوشتر انجام شد. بدین منظور تعداد 28 نمونه برگی سیر با علائم کلروز نواری، موزائیک و بدشکلی جمع آوری شد. بررسی اولیه آلودگی با استفاده از آغازگر های عمومی پوتی ویروسی مربوط به هریک از نواحی ژنی CI (Cylindrical Inclusion) و NIb (Nuclear Inclusion body) با استفاده از آزمون RT-PCR صورت گرفت. الکتروفورز محصول PCR بر روی ژل آگارز 1% به ترتیب وجود قطعاتی به طول 700 و 350 جفت بازی را در 15 نمونه از میان 28 نمونه جمع آوری شده نشان داد. اما نتایج حاصل از تعیین توالی نوکلئوتیدی، صرفا آلودگی سه نمونه از میان 15 نمونه به LYSV را تأیید نمود. جهت تکمیل بررسی ها، جدایه ای با نام LYSV-AE65 انتخاب و با استفاده از دو جفت آغازگر اختصاصی مربوط به توالی کامل ژن های CI و CP (Coat Protein) مورد بررسی قرار گرفت. محصول PCR مربوط به هر قطعه ژنومی پس از همسانه سازی در حامل پلاسمیدی pTG19-T، توالی یابی شد. نتایج حاصل از بررسی تبارزائی بر اساس ترادف نوکلئوتیدی هریک از ژن های CI و CP، ارتباط روشنی بین گروه بندی تبارزائی با منشاء جغرافیایی و میزبانی را نشان نداد. در بررسی وقوع نوترکیبی در این جدایه با استفاده از برنامه RDP4 هیچ نوترکیبی در این نواحی مشاهده نشد. این مطالعه اولین بررسی مولکولی LYSV در ایران می باشد.

ویروس ساقه شیاری سیب (Apple stem grooving virus (ASGV)) یکی از ویروس های مهم درختان سیب است. در تحقیق حاضر به منظور ردیابی این ویروس، 87 نمونه مشکوک از برگ و پوست درختان سیب دارای علائم و فاقد علائم از مناطق غربی و جنوب غربی استان زنجان و شرق استان کردستان نمونه برداری انجام شد. پس از استخراج آران ای کل از 50 نمونه از بین نمونه-های جمع آوری شده، ساخت دی ان ای مکمل با استفاده از آغازگر معکوس طراحی شده منطبق بر ژن کامل پروتئین پوششی انجام شد. در واکنش زنجیره ای پلی مراز، قطع ه ای به طول 728 جفت باز مربوط به ژن کامل پروتئین پوششی ویروس ساقه شیاری سیب در 12 نمونه از باغات مختلف از منطقه زنجان و بیجار استان کردستان تکثیر شد. 9 محصول پی سی ار برای تعیین توالی انتخاب شد، از 9 محصول پی سی آر انتخاب شده چهار نمونه به صورت همسانه سازی شده در پلاسمید pTG19 و پنج محصول پی سی آر بصورت مستقیم توالی یابی شدند. نتایج تعیین توالی و مقایسه با پایگاه داده های بانک ژن نشان داد قطعات تکثیر یافته در پی سی آر مربوط به ژن پروتئین پوششی ویروس ساقه شیاری سیب است. آنالیز تبارزائی جدایه های تعیین توالی شده و توالی های به دست آمده از بانک ژن با استفاده از نرم افزار MEGA 7 و روش Neighbor Joining (NJ) و مدل Jukes Cantor نشان داد که جدایه های ایرانی تازه ردیابی شده با جدایه هایی از ایران، هند، کره جنوبی و چین در یک خوشه قرار می گیرند. نتایج بررسی جهش ها نشان داد dN/dS جدایه های ایرانی نسبت به سایر جدایه ها کمتر است و بیشترین تبادل ژنی جدایه های ایرانی با جدایه های کره جنوبی و چین است. این اولین گزارش از این ویروس در منطقه زنجان است.

ویروس ای مو (Grapevine virus A; GVA) از اعضای جنس Vitivirus و یکی از مهم ترین عوامل ایجاد روگوز (چروکیدگی) چوب در مو است. در طول سال های 1398 تا 1400، مجموعاً 79 نمونه برگی دارای علائم زردی و قرمزی برگ و زوال در تاکستان های استان خراسان رضوی (بردسکن، کاشمر، خلیل آباد و محمدیه)، جمع آوری شد. آلودگی اولیه نمونه ها به GVA با استفاده از آزمون الایزا مستقیم بررسی و تایید نهایی نتایج با آزمون RT-PCR و توسط آغازگرهای اختصاصی پروتئین p10 (ORF5) انجام شد. استخراج RNA از تراشه های پوست سبز ساقه و برگ های جوان مو، با استفاده از بافر CTAB انجام شد. GVA در 14 نمونه، توسط آزمون الایزا تشخیص داده شد و با استفاده از RT-PCR، در 14 نمونه قطعه ای به طول 238 جفت باز از پروتئین p10 تکثیر شد. محصولات تکثیر شده از چهار نمونه پس از خالص ­سازی از ژل، به حامل pTG19-T الحاق و پلاسمیدهای نوترکیب پس از انتخاب، در هر دو جهت توالی یابی شدند. ترادف­ های به­ دست آمده با ترادف­ های موجود در بانک ژن مقایسه و شباهت نوکلئوتیدی 95-7/85 درصد بود. درخت تبارزائی بر پایه پروتئین p10 نشان داد که چهار گروه اصلی وجود دارند و جدایه های خراسان رضوی در گروه چهارم قرار می گیرند. مقایسه توالی پروتئین p10 جدایه های ایرانی با سایر جدایه ها نشان داد که منطقه پایداری در ناحیه N-ترمینال وجود دارد که شامل موتیف غنی از آرژنین و سپس موتیف انگشت روی است. در استان خراسان رضوی مطالعات زیادی روی سایر ویروس های مو صورت گرفته است، اما این اولین مطالعه در خصوص تبارزایی جدایه های GVA در تاکستان های استان خراسان رضوی می باشد.

متن کامل این مقاله به زبان انگلیسی می باشد. لطفا برای مشاهده متن کامل مقاله به بخش انگلیسی مراجعه فرمایید.لطفا برای مشاهده متن کامل این مقاله اینجا را کلیک کنید.

آفات و بیماری های نوظهور محصوالت کشاورزی را در سراسر جهان تحت تاثیر قرار داده اند . ویروس موزاییک یونجه ) mosaic AlfalfaAMV, virus )گونه ای از جنس Alfamovirus از خانواده Bromoviridae است . AMV دامنه ی میزبانی گسترده ای داشته و حدداقل از روی 150 گونه ی گیاهی از جمله محصوالت تجاری و مهم مثدل یونجده ) sativa Medicago ،)کداهو ) sativa Lactuca ،)سدی زمیندی Phaseolus ( لوبیدا و( Capsicum annuum ( فلفدل(، Licopersicon esculentum ( فرنگدی گوجده(، Solanum tuberosum (vulagris )گزارش شده است. AMV اولین بار از استان های فارس و تهران از روی یونجه گزارش شد ، سپس در اکثر مندا ی یونجده کداری کشور آلودگی به ویروس ردیابی شد ) 2005. al et Zainadini .)همچنین سویه های AMV توسط آزمون های سرولوژی نیدز انجداش شدده  AMV هدای جدایه ادامه در(. Golnaraghi et al. 2004; Massumi & Hosseini Pour 2007; Massumi et al. 2012 ( استایرانی با آزمون های مولکولی نیز ردیابی و شناسایی شددند ) 2015 Farzadfar & Pourrahim; 2012. al et Mangeli .)در نهایدت وجود این ویروس از روی برخی از علف های هرز مهم ، مزارع یونجه و برخی صیفی جات مانند سی زمینی و فلفل با تلفیی دو روش سرولوژی و آزمون پی سی آر از منا ی مختلف ایران گزارش گردید ) 2019. al et Mangeli .)ی بررسدی هدایی کده در سدال 1402 خورشدیدی از گلخانه های گوجه فرنگی )حاجی آباد( و فلفل )بندرعباس( شهر بندرعباس به عمل آمد، عالئم زردی، لکه های زرد و در برخی موارد نکروز میوه در بوته های گوجه فرنگی و فلفل مشاهده شد )شکل 1 .)لکه های زرد به مرور زمان گسترش یافته و در برخی موارد در کل بوتده عالئدم زردی مشاهده شد. پس از استخراج آر. ان. ای. کل از بافت برگ و میوه های دارای عالئم ) 5 نمونه فلفل و 5 نمونه گوجه فرنگی و از هدر گیداه یدک نمونه بدون عالئم به عنوان شاهد نمونه برداری شد(، تالش برای ردیابی AMV با استفاده از واکنش زنجیره ای پلی مراز با رونویسدی معکدوس (PCR-RT )با استفاده از یک جفت آغازگر اختصاصی ( F-AMV, R-AMV )( 2012., al et Masoumi )مبتنی بر بخش کوچکی از ژن پروتئین پوششی( CP, Protein Coat )ویروس منجربه تکثیر قطعهی 780 جفتبازی در تمامی نمونههای دارای عالئم شد، در حالی که در نمونه های بدون عالیم قطعه ای تکثیر نشد. محصول PCR-RT مربو ه به دو جدایه از هر کداش از گیاهان گوجه فرنگی و فلفل پس از خالص سازی از ژل (Qiagen - kit purification PCR (به شرکت سینوهه )ایران( برای تعیین ترادف نوکلئوتیدی دو رفه ارسال شدد. بررسی و مقایسه ترادف های به دست آمده با ترادف های موجود در بانک ژن توسط نرش افزار Blast-n نشانگر بیشترین یکسدانی تدرادف هدا بدا ترادف بخشی از ژن پروتئین پوششی AMV بود. هم ردیف سازی چندگانه توالی های حاصل از محصول PCR جدایه ها ی ایراندی AMV بدا ترادف ژن CP مربوط به 15 جدایه ی AMV موجود در بانک ژن نشان داد که جدایه های ایرانی بیشترین شباهت را بده ترتید 9 /97- ( % IR01-To )و 3 /98 ( % 03-Pep-IR )با AMV استرین 1-See جدا شده از گیاه کوشیا ) elude Sechium )از ایتالیا و کمترین شباهت را به  از( Wisteria sinensis ( گلسدین گیداه از شده جدا IRWS2 استرین AMV با( IR-Pep-03 ( % 95 /4 و( IR-To-01 ( % 95 /8 ترتیایران نشان دادند. درخت تبارزائی ارتباط بین جدایه های ایرانی با سایر جدایه ها را نشان داد (شکل 2 .)در درخت تبارزایی جدایه هدای ایراندی همراه با برخی از جدایه های اروپایی در یک خوشه و دورتر از جدایه های ایرانی، آسیایی و آمریکایی قرار گرفتند کده احتمداال بده دلیدل ورود ویروس از ریی بذر به کشور می باشد. احتمال آلودگی مخلوط این نمونه ها با سایر ویروس ها با استفاده از آغازگرهای عمومی پوتی ویروس ها: primer :هدا ویدروس بگومدو عمدومی آغازگرهدای(، Gibbs & Mackenzie 1997 ( Nib3R و Nib1 C و( Deng et al. 1994 ( BV )Li et al. 2018 ( TobamodR و TobamodF :هدا توبداموویروس عمدومی آغازگرهای نیز و( Rojas et al. 1993 ( primer181 بررسی شد که قطعه ای تکثیر نشد. با توجه به اهمیت اقتصادی گوجه فرنگی در ایران و خسارت اقتصادی قابل تدوجهی کده توسدط AMV در بسیاری از نقاط جهان روی این محصول گزارش شده است ، وجود این ویروس در ایران، ضرورت درک بهتر همه گیری آن و اتخدا اقددامات مدیریتی مؤثر ضروری می باشد . بررسدی بیشدتر جهدت تعیین تنوع ژنتیکی، بیماری زایی جدایه ها، میزان پراکنش این ویدروس در سدایر نقداط کشور و شناسایی میزبان های دیگر این ویروس در دست انجاش می باشد. با توجه به ا العات موجود ایدن اولدین گدزارش از وقوع AMV بر اساس نتایج حاصل از توالی یابی نوکلئوتیدی، مبتنی بر بخشی از پروتئین پوششی ویروس از روی گوجه فرنگی (حاجی آباد) و فلفل (بندرعباس) از استان هرمزگان یکی از قط های کشت گلخانه ای و فضای آزاد این محصولات در ایران است.

ویروس وای سیب زمینی (Potato virus Y, PVY) یکی از ویروس های محدودکننده تولید توتون و سیب زمینی در دنیا می باشد. به منظور بررسی خصوصیات بیولوژیکی و مولکولی جدایه های میزبانی ویروس وای سیب زمینی، طی سال های 1389 و 1390، در مجموع 1178 نمونه از گیاهان توتون، سیب زمینی، فلفل و علف هرز عروسک پشت پرده که دارای علائم موزائیک بودند از هشت شهرستان مختلف کشور شامل کرج، ارومیه، رشت، سنندج، شیراز، قزوین، ورامین و همدان جمع آوری شد. آلودگی نمونه ها به PVY با آزمون سرولوژیکی ساندویچ دو طرفه الیزا (double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay, DAS-ELISA) بررسی و میزان آلودگی در بین نمونه های توتون، سیب زمینی، عروسک پشت پرده و فلفل به ترتیب 2/27، 4/20، 75/18 و صفر درصد برآورد گردید. دامنه میزبانی آزمایشی چهار جدایه منتخب ویروس وای سیب زمینی (Po2، Po5، Tob2 و Ph1) روی 12 گونه گیاه محک در شرایط گلخانه تفاوت های جزئی داشت. پس از تکثیر انتهای 3' ژنوم جدایه ها به اندازه 1200 جفت باز، درخت تبارزائی براساس توالی نوکلئوتیدی یک سوم بالادست ناحیه ژنی رمزکننده پروتئین پوششی بازسازی شد که جدایه های Tob2، Ph1 و Po5 در کلاد PVYN/NTN و جدایه Po2 در کلاد PVYO قرار گرفتند. نتایج IC-RT-PCR با استفاده از آغازگرهای اختصاصی سویه، و مقایسه توالی های نوکلئوتیدی و بررسی موتیف های اختصاصی سویه در همردیف های توالی آمینواسیدی پیش بینی شده انتهای آمینی پروتئین پوششی، نتایج واکاوی تبارزائی را تایید کردند. این اولین گزارش از آلودگی گونه Physalis divaricata به سویه PVYN/NTN در دنیا می باشد.

جنس کالومیسکوس یا زیباموش، نخست با تنها گونه C. bailwardi معرفی شده ولی بر اساس مطالعات بعدی خصوصا مطالعات کروموزومی، هشت گونه در این جنس شناسایی شده است. که پنج گونه آن درایران پراکنده اند و عبارت اند از: C. bailwardi C. grandis, C. elburzensis, C. urartensis و C. hotsoni. به منظور بررسی وضعیت آرایه شناختی جمعیتهای مختلف این جنس در ایران تعداد 76 نمونه از ده منطقه جمع آوری گردید. توالی ژن میتوکندریایی (CO1) 25 نمونه با 637 نوکلئوتید جهت آنالیزهای تبارشناسی Bayesian، حداکثر پارسیمونی (Maximum Parsimony) و حداکثر احتمال (Maximum Likelihood) استفاده گردید. داده های مولکولی، تاکسونومی امروزی گونه های فوق الذکر زیباموش را تأیید می کند. داده های مولکولی علاوه بر این نشان می دهند که پراکنش گونه C. elburzensis محدود به شمال شرق ایران نبوده بلکه تا ارتفاعات مرکزی ایران در استان یزد نیز پراکنده اند و نشان می دهد که جمعیت زیبا موش یزد به عنوان یک ایزولای جغرافیایی، از رشته کوه های البرز کاملا جدا قرار می گیرد. از دیدگاه تبارشناسی، جنس زیبا موش در ایران دارای دو شاخه اصلی است. شاخه شمالی شامل C. grandis، C. elburzensis و شاخه جنوبی شامل C. bailwardi واست C. hotsoni  که بیانگر نفوذ و پراکنش آنها در فلات ایران می باشد.