لکه موجی با عامل Alternaria spp. یکی از بیماری های مهم گوجه فرنگی است که سالانه خسارت شدیدی به این محصول وارد می کند. کنترل بیولوژیک این بیماری با استفاده از قارچ های اپیفیت به عنوان میکروارگانیسم های سازگار در اندام های هوایی می تواند جایگزین مناسبی برای آفت کش های خطرناک شیمیایی باشد. جهت جداسازی قارچ های اپیفیت، پس از نمونه برداری از بوته های سالم گوجه فرنگی، قطعاتی از برگ و ساقه در ظروف ارلن حاوی آب مقطر و روی دستگاه تکان دهنده قرار گرفت و سوسپانسیون به دست آمده کشت داده شد. به منظور یافتن سویه های بیوکنترل موثر، جدایه های به دست آمده با استفاده از روش های کشت متقابل و تاثیر متابولیت های فرار و غیر فرار علیه قارچ بیمارگر (Alternaria alternata SN1-1) در آزمایشگاه، غربال و جدایه های موثر برای بررسی اثر آن ها در کنترل بیماری در شرایط گلخانه انتخاب شدند. در گلخانه، سوسپانسیون کنیدی های قارچ های اپیفیت در دو مرحله بر روی اندام های هوایی گیاه محلولپاشی شد. دو هفته پس از مایه زنی بیمارگر، شدت بیماری بر اساس یک مقیاس 9-0 ارزیابی شد. نتایج غربالگری در آزمایشگاه نشان داد که قارچ های اپیفیت مورد مطالعه با درجات مختلف از رشد میسلیومی قارچ بیمارگر جلوگیری کردند. حداکثر این بازدارندگی در آزمون های کشت متقابل، متابولیت های فرار و متابولیت های غیرفرار به ترتیب 70، 53 و 68 درصد بود. در گلخانه، کم ترین شاخص درصد بیماری مربوط به جدایه های F1-22 و P4-1(4/81% کنترل بیماری) و P1-1و P2-1 (4/74% کنترل بیماری) بود. جدایه های F1-22، P4-1و P2-1 به گونهTrichoderma harzianum و جدایه P1-1 به گونه Trichoderma longibrachiatum تعلق داشتند.

به منظور کنترل بیولوژیکی بلایت سنبله گندم ناشی از Fusarium graminearum با استفاده از باکتریهای اپیفیت، 350 سوش باکتری از بخشهای هوایی گندم جداسازی، خالص و پس از ارزیابی اثر آنتاگونیستی آنها در شرایط آزمایشگاهی، پنج سوش به همراه یک موتان مقاوم به آنتی بیوتیکهای اسید نالیدیکسیک (Nalidixic acid) و کلرا مفنیکل از سوش G5-2 انتخاب و در شرایط گلخانه ای مورد ارزیابی قرار گرفتند. در این بررسی از رقم فلات به عنوان حساس ترین رقم استفاده شد. بدین منظور ابتدا سوسپانسیون باکتریهای آنتاگونیست روی سنبله ها در مرحله گل دهی پاشیده شد، و بعد از 24 ساعت سوسپانسیونی از ماکروکنیدیهای قارچ روی سنبله ها پاشیده شد. پس از مایه زنی، سنبله ها روزانه مورد بازدید و میزان بیماری یادداشت  شد. مقایسه میانگین آزمون دانکن نشان داد که در سطح یک درصد تفاوت معنی داری بین تیمارهای بیمارگر همراه با آنتاگونیست و تیمار بیمارگر تنها از نظر میزان بیماری وجود دارد. در این پژوهش تفاوت معنی داری بین میزان کنترل توسط آنتاگونیست های مختلف مشاهده نشد، و آنتاگونیست ها توانستند 50 تا 80 درصد بیماری را نسبت به شاهد مثبت، کاهش دهند.

بیماری لکه موجی یا سوختگی زودرس (با عامل قارچی Alternaria solani Sor) یکی از عوامل محدود کننده تولید گوجه­فرنگی به شمار می­آید و مطالعات مختلف نشان داده که مخمرها دارای توانایی بالقوه برای کنترل زیستی این بیماری­ می­باشند. هدف از مطالعه حاضر بررسی اثر آنتاگونیستی مخمرهای اپیفیت گوجه­فرنگی بر مهار رشد قارچ A. solani و همچنین بررسی برخی مکانیسم­های بیوکنترلی آن­ها در شرایط آزمایشگاهی می­باشد. بدین منظور توانایی بیوکنترلی 17 جدایه مخمر اپیفیت میوه گوجه فرنگی علیه قارچ بیمارگر A. solani مورد ارزیابی قرار گرفت و بر اساس نتایج، 15 جدایه موفق به مهار رشد  A. solani شدند. به منظور ارزیابی میزان مهار پوسیدگی ناشی از قارچ A. solani بر روی میوه گوجه­فرنگی، بررسی­هایی در شرایط پس از برداشت انجام گردید. نتایج حاصل از کاربرد جدایه­ها در آزمایشگاه نشان داد که دو جدایه از گونه Aureobasidium pullulans (N4 و N3) با مهار پوسیدگی بالای 85 درصد، موثرترین جدایه­ها بودند. همچنین نتایج مطالعه بر روی مکانیسم­های بیوکنترلی نشان داد که تمام جدایه­های بررسی شده به غیر از جدایه­های N14 و N15 با تولید متابولیت­های فرّار به طور معنی­داری از رشد قارچ A. solani جلوگیری کردند. بررسی توانایی جدایه­ها در تولید آنزیم­ها، تولید سیدروفور و تشکیل بیوفیلم نشان داد که پنج جدایه قادر به تولید پکتیناز، چهار جدایه قادر به تولید آمیلاز و پنج جدایه قادر به تولید پروتئاز بودند. همچنین پنج جدایه قادر به تولید سیدروفور و هفت جدایه قادر به تشکیل بیوفیلم بودند. به طور کلی بر اساس نتایج این پژوهش، گونه (N3 و N4) A. pullulans دارای پتانسیل بالایی در مهار قارچ  A. solani بوده و گزینه مناسبی برای کنترل بیماری­های پس از برداشت گوجه­فرنگی می­باشد.

تنش سرمازدگی یکی از مهمترین عوامل محدود کننده تولید محصولات کشاورزی بویژه محصولات باغی و درمنطقه کرمان، گیاه پسته است. با توجه به ارزش اقتصادی پسته، مطالعه مدیریت سرمازدگی این محصول بسیار ضروری است. یکی از روش های جدید مدیریت سرمازدگی، به کارگیری باکتری های ضدهسته یخ ساکن سطح گیاهان، ازجمله پسته است. برخی از این باکتری ها ی اپیفیت می توانند تولید پروتیین های ضدهسته یخ نموده که با مولکول های آب در کریستال یخ ترکیب شده و از ایجاد کریستال های یخ بزرگتر جلوگیری کند. در این مطالعه توان ضدیخی 100جدایه باکتری اپیفیت درختان پسته، بررسی شد که از این تعداد، چهار جدایه مانع از یخ زدگی، درون لوله آزمایش در آزمون هسته یخ شدند. همچنین این جدایه ها مانع از سرمازدگی گیاهچه های گندم تیمار شده با جدایه هسته یخ در شرایط سرما شدند. این جدایه ها براساس نتایج آزمون های بیوشیمیایی و مولکولی شناسایی شدند. با استفاده از جفت آغازگرهای 63f و 1387r در واکنش زنجیره ای پلیمراز، بخشی از ناحیه 16SrDNA، تکثیر و توالی یابی شد. توالی های به دست آمده با استفاده از نرم افزار بلاست در بانک ژن، با توالی های موجود در این پایگاه مقایسه و میزان شباهت تعیین گردید. نتایج نشان داد جدایه ها ی ضد هسته یخ متعلق به چهار جنس بودند. بر اساس مقایسه بخشی از توالی 16S rDNA، این جدایه ها شباهت بالای 99 درصد به گونه های, Pseudomonas sp., Escherichia fergusonii Erwinia iniectaوSerratia sp. نشان دادند. توالی های مزبور در بانک ژن به ترتیب با کدهای شاخص MH704448، MH704263، MH703583، MH703535ثبت شد. بدیهی است این مطالعه می تواند افق جدیدی را در امر مدیریت خسارت سرمازدگی روی محصولات کشاورزی پدید آورد.

پوسیدگی کپک سبز و آبی مهمترین بیماری های پس از برداشت میوه مرکبات است که به ترتیب توسط قارچ های Penicillium digitatum & Pencillium italicum ایجاد و س الیانه منجر به از بین رفتن 30% محصولات مرکبات می شوند. در روش های متداول برای کنترل این پوسیدگی از قارچ کش های مصنوعی نظیر ایمازالیل، تیابندازول و بنومیل استفاده می شود. با توجه به مضرات استفاده از سموم برای سلامتی انسان و محیط و به دلیل افزایش مقاومت قارچها نسبت به قارچ کش ها، کنترل بیولوژیک به عنوان جانشین مناسبی جهت کنترل این بیماری در نظر گرفته شده است. برای بررسی کنترل بیولوژیک این کپک ها، میکروارگانیسم های اپیفیت از سطح میوه های مرکبات باغات شمال ایران جمع آوری و جداسازی شد. ارزیابی اولیه برای پتانسیل بیوکنترلی از طریق این میکروارگانیسمهای اپیفیت در شرایط آزمایشگاهی و بر اساس مشاهده نتیجه تست هاله ممانعت از رشد صورت گرفت. 65 ایزوله باکتریایی و مخمری به همراه 30 ایزوله کپکی از خود پتانسیل کنترلی این کپک ها را نشان دادند. مرحله بعد روی هر میوه در 4 نقطه با فواصل مساوی چاهک هایی با عمق 2 میلی متر حفر گردید و به هر چاهک سوسپانسیون ایزوله های باکتریایی و مخمری باغلظت 108×1سلول در میلی لیتر، 24 ساعت قبل از سوسپانسیون عامل بیماری زا با غلظت 104× 1 اسپور در هر میلی لیتر اضافه وپلیتها در دمای 15 درجه سلسیوس به مدت یک هفته نگهداری شدند. نتایج تست ها بر اساس ظهور و شدت علائم پوسیدگی در تیمارهای میکروبی بررسی شدند. نتایج بر اساس ظهور و شدت علائم پوسیدگی در تیمارهای میکروبی با ایزوله های بیوکنترل مقایسه گردید. تست های بیوشیمیایی برای شناسایی ایزوله های بیوکنترل 3 ایزوله های باکتریPseudomonas syringae ، دو ایزوله از مخمری از Pantoea agglomerans و یک ایزوله مخمر Candida famata را نشان دادند. مکانیسم مهاری بیوکنترل ها نشان دهنده مدارکی در تولید رشد ترکیبات و متابولیت های خارج سلولی از باکتری Pseudomonas syringae و متابولیت خارج سلولی Candida famata که اثرات ضد قارچی بر روی P. digitatum & P. italicum.داشتند را بازگو کردند.

باکتری Pseudomonas syringae یک بیمارگر گیاهی است که دارای دامنه میزبان گسترده ای می باشد. چرخه زندگی این باکتری شامل دو مرحله اساسی است: مرحله نخست بروز عامل بیماری روی گیاه میزبان است، که عموما به صورت نکروز در قسمت های هوایی گیاه می باشد (مرحله بیماری زایی)، و مرحله دوم، تکثیر باکتری در قسمت های هوایی گیاه به میزان زیاد است، بدون این که هیچ گونه واکنش دفاعی از خود نشان دهد (مرحله اپیفیتیک). تاثیر برخی ژن های بیماری زایی مانند (agressivity) aggress, (disease specificity) dsp, (coronatine) cor, (ice nucleation) ice, (hypersensitive reaction and athogenicity) hrp، در مرحله اپیفیت Pseudomonas syringae در گیاه گوجه فرنگی مورد بررسی قرار گرفت. مطالعه دینامیزم جمعیت کلنیزاسیون باکتری در ریشه، ساقه و برگ انجام گرفت.نتایج نشان داد که سیستم ژن های hrp در P. s. pv. phaseolicola, P. s. pv. syringae, P. s. pv. tomato و cor (ژن مسوول تولید توکسین) در P. s. pv. tomato به منظور کلنیزاسیون اپیفیتیک باکتری در گیاه میزبان و غیرمیزبان ضروری است. جدایه های موتان hrp و cor در مقایسه با جدایه های وحشی، گیاه را در تمامی بخش ها (ریشه، ساقه و برگ) به میزان پایین تری کلنیزه نمودند. سیستم ژن های ice، aggress و dsp با جدایه های موتان و جدایه های وحشی خود هیچ گونه تاثیر معنی داری بر دینامیزم کلنیزاسیون اپیفیتیک باکتری P. s. pv. syringae در گیاه نداشتند. در شرایط in vitro هیچ گونه تفاوت معنی داری بین جدایه های وحشی و موتان های آنها روی محیط کشت مصنوعی در دستگاه بیواسکرین مشاهده نگردید. چنین برمی آید که عدم تکثیر زیاد موتان های P. syringae در شرایط in planta نسبت به جدایه های وحشی، ناشی از اثر متقابل گیاه و باکتری می باشد.