متن کامل این مقاله به زبان انگلیسی می باشد. لطفا برای مشاهده متن کامل مقاله به بخش انگلیسی مراجعه فرمایید.لطفا برای مشاهده متن کامل این مقاله اینجا را کلیک کنید.

متن کامل این مقاله به زبان انگلیسی می باشد. لطفا برای مشاهده متن کامل مقاله به بخش انگلیسی مراجعه فرمایید.لطفا برای مشاهده متن کامل این مقاله اینجا را کلیک کنید.

زمینه و هدف: لیشمانیوز به عنوان یک بیماری انگلی ناشی از جنس لیشمانیا درنظر گرفته می شود. عدم درمان بعد از درمان دارویی یکی از مشکلات عمده بیماری لیشمانیوز است. شناسایی پروتیین هدف یک عامل مهم برای دستیابی به توسعه دارو است. از این رو، پروتیین کینازها نقش مهمی در طراحی دارو دارند (مانند، LmxMPK و CRK3). این مطالعه به منظور پیش بینی و ارزیابی ساختار سه بعدی پروتیین E9BJT5 در لیشمانیا و تمایل اتصال آن برای مسدودکننده های مختلف کانال کلسیم انجام شده است. مواد و روش ها: ساختار سه بعدی پروتیین E9BJT5 توسط سرورهایI-TASSER و Procheck، به ترتیب، پیش بینی و ارزیابی گردید. در روش داکینگ مولکولی، فعل وانفعالات مسدودکننده های مختلف کانال کلسیم در مدل پیش بینی شده E9BJT5 با کمک نرم افزار PyRx درAutodock vina بررسی گردید. پس از آن، نتایج تعامل با نرم افزار Chimera مورد تجزیه وتحلیل قرار گرفت، و بنابراین فعل وانفعالات قوی تر شناسایی شد. نتایج: نتایج داکینگ نشان داد که لیدوفلازین و لرکانیدیپین (به ترتیب با مقادیر 3/8-و 6/7-کیلوکالری بر مول) به عنوان داروهای برتر در اتصال به جایگاه فعال پروتیین شناخته می شوند. نتیجه گیری: در این مطالعه، به روش in silico، پروتیینE9BJT5 می تواند هدفی مناسب برای طراحی داروهای جدید دربرابر انگل لیشمانیا باشد. نتایج داکینگ نشان می دهد که دو داروی (لیدوفلازین و لرکانیدیپین) ممکن است به عنوان داروهای بالقوه ضد لیشمانیایی درنظر گرفته شوند. برای ارزیابی تعاملات بین لیگاندها و هدف مطالعات بیشتر توصیه می گردد.

ژنوم D یکی از سه ژنوم اصلی در گندم نان Triticum aestivum نقش مهمی در بسیاری از صفات زراعی گندم نان بعهده دارد. این ژنوم از گونه Aegilops tauschii به گندم نان به ارث رسیده است. علاوه بر آن گونه های A. cylindrica و A. crassa نیز ژنوم D را حمل می کنند و در ایران گسترش دارند. به منظور مطالعه همولوژی بین ژنوم D در میان این سه گونه با ژنوم D گندم نان و بررسی امکان انتقال ژن از این گونه ها به گندم زراعی از هر گونه 13 نمونه و در مجموع 52 نمونه از نواحی مختلف انتخاب گردید. در مزرعه هیبریدهای بین گونه ای بین نمونه های آژیلوپس و گندم نان هر دسته تهیه گردید. سپس وضعیت جفت شدن کروموزومهای میوزی در خوشه های جوان هیبریدهای بین گونه ای مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج نشان داد که امکان تهیه هیبریدهای بین این گونه ها حداقل با استفاده از روشهای نجات جنین وجود دارد. ژنوم گونه A. tauschii شباهت زیادی با ژنوم D گندم نان نشان داد، به طوری که کروموزومهای دو گونه قادر بودند با یکدیگر جفت شده و به طور متوسط 11.9 کیاسما در هر سلول تشکیل دهند، اما میزان جفت شدن کروموزومهای گونه A. cylindrica با گندم نان کمتر بوده و به طور متوسط 7.37 کیاسما در هر سلول مشاهده گردید. شباهت کروموزومهای فرم تتراپلوئید گونه A. crassa با گندم نان نیز بسیار ناچیز بوده و کروموزومهای این گونه به طور متوسط تنها 3.42 کیاسما با کروموزومهای گندم تشکیل می دادند. با این حال، حتی تشکیل تعداد کمی کیاسما در هیبریدهای بین گونه ای امکان انتقال ژن از این گونه ها را به گندم نان فراهم می نماید.

استرس گرمایی یکی از مهمترین مشکلاتی است که تاثیر منفی بر روی مصرف غذا، نرخ رشد، شبکه عصبی، عملکرد سیستم ایمنی و همچنین نرخ مرگ و میردارد. در شرایط استرس گرمایی، سنتز اکثر پروتئین ها به تاخیر می افتد اما پروتئین های استرس گرمایی(HSP) به طورسریع سنتز می شوند و نقش مهمی در زنده مانی سلول ها دارند. از مهمترین آنها، HSP70 می باشد که ساختار کریستالوگرافی آن در زنبورعسل گزارش نشده و مدلسازی آن می تواند زمینه تشخیص مکانیسم عمل آن در مقابل تنش های محیطی را در زنبورعسل فراهم نموده و هزینه های مربوط به تنشهای محیطی را کم کند. همچنین HSP40 یک تنظیم کننده مکانیسم عمل HSP70 است. لذا، در این تحقیق مدلسازی کامل هر دو پروتئین صورت گرفت و در ادامه میانکنش پروتئین HSP70وHSP40 با استفاده از نرم افزارهای مدلسازی در دو وضعیت مطالعه شد. 1-مطالعه داکینگ دو پروتئین به صورت کور، که ساختار کامل هر دو پروتئین در داکینگ مورد استفاده قرار گرفت و نتایج آن نشان داد اتصال بین دو پروتئین در دو ناحیه اتفاق می افتد; HSP70 از ناحیه اسید آمینه های 430-400 و 640-620 به ترتیب با اسیدآمینه های 350-330 و 175-165 در HSP40 متصل می شود. 2-بر اساس مطالعات گذشته، داکینگ تنها در بخش محتمل برای اتصال صورت گرفت، برهمکنش بین ناحیهJdomainاز HSP40 با کل پروتئین HSP70، که نشان داد اسید آمینه های 41-28 از دمین J در HSP40 با یک شیار اسیدی از دمین ATPase درHSP70، میانکنش دارند. نتایج حاصل میتواند به فهم بهتر عملکرد دو پروتئین و طراحی داروهای ضداسترس کمک نماید.

پروتئین CD80 به عنوان عضوی از ابرخانواده ایمنوگلوبولین ها، یک پروتئین تراغشایی است که در سطح سلول های ارایه کننده آنتی ژن (APC) بیان می شود. این پروتئین دارای دو گیرنده CTLA-4 و CD28 در سطح سلول های T است. بر اثر اتصال این پروتئین به این گیرنده ها به ترتیب مسیر مهاری و تحریکی در سلول های T آغاز می شود. در حالت طبیعی، پروتئین های CD80 دارای تمایل اتصال بیشتری به CTLA-4 نسبت به CD28 هستند و این از عوامل خاموش کننده سلول های T در سیستم ایمنی، به منظور جلوگیری از خودایمنی است. هدف از مطالعه حاضر، ایجاد واریانتی از پروتئین CD80 است که دارای تمایل اتصال افزایش یافته به CD28 است تا با قدرت بیشتری به این گیرنده متصل شود و مسیرهای تحریکی را بیشتر از نوع وحشی این پروتئین (پروتئین CD80 اولیه) در سلول های T القا کند. برای شناسایی این واریانت ابتدا توالی وحشی با کمک محیط برنامه نویسی R، در جایگاه های 31 و 92 با اسیدهای آمینه ای که نقش مهمی در شکل گیری پیوندهای هیدروژنی دارند، جهش داده شد. 100 توالی خروجی نرم افزار R، با سرور SWISS-MODEL مدل سازی شدند. سپس مدل های خروجی، به صورت تک تک با سرور HADDOCK داک شدند و در نهایت انرژی های اتصالی از جمله انرژی های الکترواستاتیک و واندروالسی بین گیرنده ها و لیگاندها محاسبه شدند. بین تمامی مدل های ساخته شده، توالی جهش یافته K31Y, R92F دارای بهترین انرژی الکترواستاتیک و واندروالسی است و در مقایسه با نوع وحشی پروتئین CD80، با قدرت بالاتری به پروتئین CD28 متصل می شود.