هدف: ناحیه 22q11.2 یک منطقه مستعد برای وقوع انواع بازآرایی ها است؛ به ویژه حذف هایی که منجر به وقوع انواع مختلفی از اختلالات ژنومی از جمله دی جرح و ولوکاردیوفاسیال می شوند. شاخص ترین ویژگی بیماران دارای این ریز حذف، نقایص قلبی مادرزادی از نوع کونوترانکال است. روش استاندارد برای تشخیص ریزحذف، روش (FISH) است. با این حال این روش دارای اشکالاتی از جمله گران بودن قیمت تمام شده و حساسیت کمتر این روش در شناسایی ریزحذف های غیر شایع و کوچکتر از معمول است.مواد و روش ها: گروه مورد مطالعه در این تحقیق شامل 10 فرد با علایم مشخصه نشانگان دی جرج و دارای ناهنجاری مادرزادی قلبی از نوع کونوترانکال بودند که با استفاده از روش FISH و کاوشگر TUPLE1 بررسی شده بوده اند. علاوه بر این سه فرد نرمال به عنوان کنترل منفی ریزحذف فوق در این تحقیق داخل شده اند. در این مطالعه با استفاده از نشانگرهای STS داخل و خارج منطقه مورد مطالعه، واکنش PCR نیمه کمی (SQMPCR) طراحی شد. نتایج با استفاده از نرم افزار TotalLab تجزیه و تحلیل شد.نتایج: 4 بیمار دوز ژنی کمتر از 60 درصد نشان دادند که تایید کننده وجود ریزحذف است. روش FISH تنها نشان دهنده یک بیمار مبتلا به ریزحذف بوده است.نتیجه گیری: روش SQMPCR راه اندازی شده در این تحقیق توانست در بیماران مبتلا به ناراحتی مادرزادی قلبی نوع کونوترانکال وجود ریزحذف را در 40 درصد بیماران مشخص کند. به عبارت دیگر در 3 بیمار مبتلا و بدون مشکل شناخته شده ژنتیکی با روش FISH، حذف تشخیص داده شده است. بررسی های قبلی هم نشان دهنده حساسیت بیشتر روش های مولکولی در تشخیص ریزحذف های ناحیه مورد نظر بوده است. این تحقیق نشان دهنده وجود ریزحذف های غیر شایع در جامعه مبتلایان ایرانی و توانایی روش فوق در شناسایی بعضی از موارد منفی با روش FISH است. اگر چه آزمایش ها و بررسی های بیشتری برای تعیین حساسیت این روش لازم است اما به نظر می رسد که این روش می تواند در تشخیص موارد ریزحذف بدون علت شناخته شده ژنتیکی در بررسی FISH ولی دارای فنوتیپ کامل نشانگان 22q11DS استفاده شود.

زمینه و اهداف: مننژیت حاد باکتریال یک عامل مهم مرگ و میر باقی مانده که در افراد نجات یافته، ممکن است با ایجاد ضایعات عصبی دایمی همراه گردد. لذا، تشخیص سریع اتیولوژی مننژیت باکتریال و درمان مناسب آن یک امر حیاتی می باشد. از این رو، هدف این تحقیق مقایسه روش مولکولی MultiplexPCR با روش های باکتریولوژیک و نیز مشاهده مستقیم مایع نخاع جهت تشخیص سریع باکتری های شایع عامل مننژیت می باشد.روش بررسی: در این تحقیق، 150 نمونه مایع نخاع بیماران مشکوک به مننژیت را با استفاده از PCR هدف مند شده با پرایمرهای عمومی بر اساس ژن 16S rRNA و نیز پرایمرهای اختصاصی جهت باکتری های نیسریا مننژیتیدیس، استرپتوکوکوس پنومونیه و هموفیلوس اینفلونزا استفاده گردید. همچنین، سایر روش های باکتریولوژیک و نیز میکروسکوپی مورد بررسی قرار گرفت.یافته ها: استفاده از چند روش تشخیصی همزمان، امکان تشخیص سریع اتیولوژی باکتریال را در افراد مبتلا به مننژیت مهیا نمود. چنانچه با روش مولکولی تشخیص اختصاصی از 150 نمونه مایع نخاع 9 مورد نیسریا مننژیتیدیس تایید گردید. در حالی که کشت باکتریولوژیک تنها در 6 مورد نیسریا مننژیتیدیس را نشان داد ولی مشاهده لام مرطوب وجود 8 مورد مننگوکک را تایید نمود.نتیجه گیری: نتایج این تحقیق نشان داد، روش های مولکولی PCR یگانه و چندگانه برای تشخیص عامل مننژیت باکتریایی از کشت باکتریولوژیک و نیز مشاهده مستقیم از حساسیت بیشتری برخوردار است. با این حال، قضاوت بر اساس مشاهده میکروسکوپی هر چند کیفی است. ولی مشاهده مستقیم مرفولوژی باکتری و نیز سایر شواهد در نمونه مایع نخاع علاوه بر راهنمایی جهت طراحی پروتکل مناسب تشخیص قطعی و امکان انتخاب آنتی بیوتیک مناسب را جهت درمان نیز فراهم می نماید.

امروزه برای شناسایی و تشخیص سروتیپ های سالمونلا در نمونه های بالینی و مواد غذائی از روش های سنتی تشخیص این باکتری استفاده می گردد که وقت گیر و گاهی مشکل ساز می باشند، اما با کشف روش های سریع تشخیص مولکولی، این مشکلات تا حد زیادی مرتفع گردیده است. مطالعه حاضر، با هدف تشخیص سریع جدایه های مختلف سالمونلا بر اساس جسجوی ژن کروموزومی invA و نیز شناسائی جدایه های حاد حاوی ژن های حدت اپرون spv انجام گردید. بدین منظور تعداد 20 جدایه انسانی سالمونلا از بیمارستان های شهر تبریز و 20 جدایه این باکتری که از پنیرهای سنتی عرضه شده در بازار مصرف تبریز جدا شده بود، تهیه گردید. ابتدا با استفاده از پرایمر های اختصاصی ژن invA، تائید مولکولی جدایه ها با استفاده از روشsimplex PCR ارزیابی گردید. در ادامه برای بررسی سویه های حاد باکتری مذکور براساس حضور ژن های اپرون spv، با استفاده از پرایمرهای اختصاصی مربوطه، به روشmultiplex PCR حضور ژن های R، C، B وspvA بررسی شد. یافته ها اولاً نشان دهنده تائید مولکولی همه جدایه ها بود. ثانیاً همه 40 جدایه مورد آزمایش دارای 3 ژن R، C وspvA بوده ولی هیچ-کدام از آن ها دارای ژنspv B نبودند. به نظر می رسد که با توجه به محدودیت ها و مشکلات موجود در روش بررسی آزمایشگاهی سنتی سالمونلاها، می توان ازPCR به عنوان روشی سریع در تشخیص آلودگی به باکتری سالمونلا استفاده کرد. همچنین بایستی وجود 3 ژن از 4 ژن حدت اپرون spv در جدایه های مختلف سالمونلا در منطقه تبریز را یافته ای نامطلوب تلقی کرد که لزوم رعایت بیشتر اصول کنترل و پیشگیری در جوامع دامی و انسانی را تاکید می کند.

این مطالعه تاثیر باکتریهای پروبیوتیک لاکتوکوکوس لاکتیس و بیفیدوباکتریوم بیفیدوم را بر بیان ژن مولد آمین های بیوژن در استافیلوکوک های جدا شده از شیر با استفاده از روش های استاندارد بررسی نموده است. جداسازی استافیلوکوکوس ها از 100 نمونه شیر خام با استفاده از روش های استاندارد بیوشیمیایی، رنگ آمیزی گرم و بررسی توالی 16S rRNA انجام شد. نمونه های حاوی این سویه ها از نظر تولید آمین های بیوژن توسط HPLC مورد بررسی قرار گرفتند و وجود ژن های هدف توسط MultiplexPCR تعیین شد. باکتری های واجد ژن های هدف تحت تیمار با سوپرناتانت لاکتوکوکوس لاکتیس و بیفیدوباکتریوم بیفیدوم قرار گرفتند و بیان ژن ها با Real time PCR سنجیده شد. داده ها نشان داد که 60 سویه استافیلوکوکوس جداسازی شد که در ژنوم 54 سویه ژنهای هدف حضور داشتند و در 3 نمونه میزان کادآورین و پوترسین در بیشترین حالت خود بود. مقادیر آمین های بیوژن در روزهای دوم و سوم تیمار نسبت به روز اول به صورت معنی داری بیشتر بود (0. 001 p<). نتایج MIC به دست آمده برای باکتری های استافیلوکوکوس در معرض باکتری های پروبیوتیک در نمونه ها بین 125 میکروگرم بر میلی لیتر و 5/62 میکروگرم بر میلی لیتر بود. نتایج حاصل از واکنش Real Time PCR نشان داد که میانگین کاهش سطح تغییرات بیان هر دو ژن از نظر آماری معنی دار بوده است. این مطالعه نشان داد که استفاده از باکتری های پروبیوتیک میتواند از طریق کاهش جمعیت این باکتری ها و کاهش بیان ژن مولد کادآورین و پوترسین، منجر به کاهش تولید این آمین و افزایش کیفیت شیر گردد.

اشریشیاکلی بیماری زای طیور عامل ایجاد طیف بسیار گسترده ای از بیماری های خارج روده ای ازجمله سلولیت و کلی باسیلوز است. مشکل مقاومت به پادزیست (آنتی بیوتیک) ها در سرتاسر جهان وجود دارد. هدف از این پژوهش ارزیابی مولکولی ژن های مقاومت پادزیستی مانند: aac، aad، qnr، tet، anr، sul و تعیین حساسیت پادزیستی بود. نمونه برداری از کشتارگاه صنعتی طیور شهربابک در 6 ماه سال 95 انجام و شمار 83 جدایه از نمونه های کلی باسیلوزی و 34 جدایه از نمونه های سلولیتی جدا و به روش های بیوشیمیایی تأیید شدند. سپس آزمون های MultiplexPCR و تست حساسیت پادزیستی روی نمونه ها انجام شد. نتایج بررسی نشان داد، فراوانی ژن های tetA 85/63%، tetB65/62%، qnrs 3/49%، 09/24%، 91/28%، 32/31%، 5/26%، 1-aac(3)66/25%، 89/22%، flor 91/28%، 31/33% و 30/12درصد بود. هیچ کدام از نمونهها از نظر ژن های blaTEM مثبت نبودند. در این بررسی مشخص شد که 40 تا 90 درصد همه ی جدایه ها به یک یا چند پادزیست مقاوم هستند. بیشترین مقاومت به ترتیب نسبت به پادزیست های تتراسایکلین، سولفومتوکسازول، کلرامفنیکل و تریمتوپریم بود. همچنین مشخص شد که بروز مقاومت پادزیستی به دلیل حضور ژن های مقاومت است. شناخت الگوی مقاومت و حساسیت ریزجانداران (میکروارگانیسم )ها نسبت به پادزیست ها در انتخاب مناسب و درست دارو و مهار (کنترل) عفونت ها نقش مؤثری دارد.

زمینه و هدف: آزواسپرمی به معنی عدم اسپرم در انزال می باشد که به دو دسته ی انسدادی و غیرانسدادی طبقه بندی می شود. آزواسپرمی غیرانسدادی تقریبا 60 درصد از موارد آزواسپرمی را شامل می شود؛ فاکتورهای محیطی و ژنتیکی مختلفی را می توان در ایجاد عارضه ی آزواسپرمی غیرانسدادی دخیل دانست. تاکنون ژن های متعددی به عنوان عامل ایجاد این بیماری معرفی شده اند که در اسپرماتوژنز و تکوین بیضه نقش دارند. این ژن ها برروی کروموزوم Yیا کروموزوم های اتوزوم قرارگرفته اند. هدف از تحقیق حاضر، بررسی ریز حذف های کروموزوم Y و جهش های ژن STAG3 در مردان ایرانی مبتلا به آزواسپرمی غیر انسدادی است.مواد و روش ها: در این مطالعه، از 122 مرد مبتلا به آزواسپرمی غیرانسدادی با علت ناشناخته و 100مرد سالم با حداقل یک فرزند نمونه خون گرفته شد و DNA آن استخراج گردید. نمونه ها از نظر وجود ریزحذف های کروموزوم Y به روش MultiplexPCR مورد بررسی قرار گرفتند. سپس وجود جهش های احتمالی در اگزون 7 ژن STAG3 به کمک روش MSSCP بررسی شد.یافته ها: 13 نفر معادل 10.66 درصد از افراد بیمار ریزحذف های کروموزوم Y را نشان دادند. هیچ نوع جهشی در توالی اگزون 7 ژن در بیماران مورد مطالعه مشاهده نگردید. وقوع ریزحذف های کروموزوم Y در هیچ یک از افراد گروه کنترل مشاهده نشد.نتیجه گیری: نتایج نشان می دهند که ریزحذف های کروموزوم Y به عنوان اصلی ترین عامل آزواسپرمی غیرانسدادی مطرح بوده و مهم ترین کاندید جهت انجام تست های تشخیصی می باشند. جهش های ژن STAG3 در میان افراد مبتلا به آزواسپرمی غیر انسدادی شایع نیست.

زمینه و هدف: اسینتو باکتر بومانی عامل اصلی عفونت های بیمارستانی است. بروز سویه های مقاوم چندگانه ی دارویی یکی از دلایل عدم درمان مناسب عفونت های ناشی از این باکتری محسوب می شود. بیان بیش ازحد پمپ های تراوشی AdeABC و AdeIJK در اسینتوباکتر باعث مقاومت چندگانه ی دارویی نسبت به بسیاری از آنتی بیوتیک ها می شود. هدف از این مطالعه بررسی ارتباط ژن های adeA، adeB، adeI با فعالیت فنوتیپی پمپ تراوشی ایزوله های مقاوم چندگانه ی دارویی اسینتوباکتر بومانی است. مواد و روش کار: مطالعه روی 55 سویه ی اسینتوباکتر بومانی جداشده از نمونه های بالینی بیماران بستری شده در بخش مراقبت های ویژه ی بیمارستان میلاد تهران انجام گرفت. جدایه ها با استفاده از آزمون های بیوشیمیایی شناسایی شده و تست حساسیت آنتی بیوتیکی با روش انتشار در دیسک و براساس دستورالعمل CLSI انجام شد. روش کارت ویل برای بررسی فعالیت فنوتیپی پمپ تراوشی به کار برده شد. برای بررسی حضور ژن ها از MultiplexPCR استفاده شد. یافته ها: میزان مقاومت چندگانه ی دارویی بین جدایهها 98درصد بود. از نظر فعالیت تراوشی 3/63درصد قوی، 67/27درصد متوسط، 29/09درصد جدایهها بدون فعالیت بودند. فراوانی ژن های adeA، adeB، adeIبهترتیب 87/2درصد، 85/4درصد، 94/5درصد بود. اختلاف معناداری بین فراوانی ژن های adeA و adeB و بین ایزوله های دارای پمپ تراوشی فعال و ایزوله های غیرفعال وجود داشت. نتیجه گیری: تعیین فنوتیپ فعال پمپ تراوشی می تواند تعیین کننده ی مقاومت چندگانه ی دارویی بین ایزوله های اسینتوباکتر بومانی باشد. نتایج مطالعه نقش ژن های اصلی اپرون adeABC یعنی adeA، adeB را در فعالیت پمپ تراوشی سویه های اسینتوباکتر تأیید می کند.

زمینه و اهداف: سالمونلوز یک بیماری مهم در انسان و حیوانات است که به وسیله سرووارهای مختلف سالمونلا انتریکا ایجاد می شود. سرووارهای انتریتیدیس و تیفی موریوم از شایع ترین سرووارها در انسان و دام و همچنین عامل بیماری منتقله از طریق غذا می باشند. هدف از این مطالعه بررسی الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی در سویه های سالمونلای جداسازی شده از گوشت قرمز و شناسایی مولکولی ژنهای مقاومت به تتراسایکلین می باشد.مواد و روش کار: در این مطالعه در سال 1394، تعداد230 نمونه گوشت قرمز از کشتارگاهها و مراکز توزیع گوشت قرمز جمع آوری شد و با استفاده از روشهای کشت و بیوشیمیایی جهت جداسازی سالمونلا مورد بررسی قرار گرفت. سروتایپینگ نمونه ها با استفاده از آنتی سرم های O و H انجام شد. آزمون حساسیت آنتی بیوتیکی برای تمامی جدایه ها انجام گرفت. جهت تشخیص ژنهای مقاومت به تتراسایکلین از روش MultiplexPCR و پرایمرهای اختصاصی ژنهای tetA، tetB، tetC و tetD استفاده شد.یافته ها و نتیجه گیری: تعداد60 نمونه سالمونلا جداسازی و شناسایی شد. نتایج سروتایپینگ نشان داد هر60 نمونه مربوط به گروه D و سرووار انتریتیدیس هستند. بیشترین میزان مقاومت به آنتی بیوتیک آموکسی سیلین و کمترین میزان مقاومت به آنتی بیوتیک جنتامایسین بدست آمد. 25 درصد نمونه ها به تتراسایکلین مقاومت داشته اند. در میان ایزوله های مقاوم به تتراسیکلین، در مجموع 60 درصد واجد ژنهای tet بودند که 7 ایزوله (46.6%) دارای ژن tetA و یک جدایه دارای ژن tetB و یک جدایه دارای ژن tetC بود. مطالعه حاضر نشان دهنده شیوع بالای سالمونلا در نمونه های گوشت قرمز و مقاومت آنتی بیوتیکی از جمله مقاومت به تتراسیکلین می باشد.