دستیابی به فناوری هایی که بتواند رفتارهای ژن ها در سطح رونوشت سلولی و اثر متقابل بین آن ها را به تصویر بکشد، مطلوبیت ویژه ای دارد. در همین راستا، فناوری ریزآرایه، بر مبنای کشفیات سابق واکنش پلی مراز کمی سازی شده (qPCR) و فناوری هیبریداسیون ساترن بلاتینگ می باشد که از همان قوانین امّا، در مقیاس بزرگ تر برای اندازه گیری میزان بیان چندین هزار ژن استفاده می کند. پیش آگاهی از جزئیات، معماری ریزآرایه و پشت صحنه مورد استفاده برای این تکنیک بر روی تجزیه و تحلیل داده های خام تأثیر مستقیم دارد. روش های پیش پردازش داده ها و آزمون های نرمال سازی آن ها، استفاده از روش تجزیه مؤلفه های اصلی، رسم نمودار حرارتی، خوشه بندی و رسم دندروگرام تست همبستگی داده و روش پیشرفته TSN از جمله روش های پیشرو هستند. همچنین، چالش مقایسه میانگین چندگانه، وجود خطای نوع یک و مفهوم شاخص چند برابر شدن( Fold change ) نیز به طور اجمالی مورد بحث قرار می گیرد. در مطالعۀ مروری حاضر، سعی شده است که مبانی تئوریک، ساختار داده های خام، تحلیل های آماری و تفسیر نتایج فناوری ریزآرایه مورد بحث قرار گیرد و به طور مستقل قادر باشد مسیر داده تا تفسیر و همچنین چالش های موجود را با اطلاعاتی که داده می شود به خوبی پشت سر قرار دهد.