به منظور بررسی تنوع ژنتیکی درختان حرا در سواحل استان هرمزگان با استفاده از روش مولکولی RAPD تعداد 40 نمونه از برگ درختان حرا در ایستگاه های مختلف (بنادر جاسک، خمیر، تیاب و جزیره قشم) جمع آوری و به آزمایشگاه منتقل و پس از استخراج DNA بوسیله 30 پرایمر در واکنش زنجیره ای پلیمراز مورد بررسی قرار گرفتند.نتایج کار نشان داد که بیشترین میزان میانگین تنوع ژنتیکی در جمعیت قشم 0.458 با انحراف معیار 0.033 و کمترین میانگین میزان تنوع ژنتیکی در جمعیت جاسک 0.423 با انحراف معیار 0.056 می باشد. همچنین با استفاده از نرم افزار PopGene میانگین شاخص اطلاعات شانون 0.643 برای چهار جمعیت بدست آمد.مقدار شاخص0.011 Fst و میزان جریان ژنی 25.854 محاسبه گردید و دندروگرام UPGMA ترسیم شده براساس فاصله ژنتیکی Nei نیز جدایی واضحی را بین جمعیت ها نشان نداد. همچنین آنالیز واریانس مولکولی نشان داد که تنوع بالایی (%99) در درون جمعیت های مورد بررسی وجود دارد. نتایج حاصل از این تحقیق می تواند اطلاعات سودمندی جهت برنامه های حفاظتی و مدیریتی این گونه با ارزش بومی ایران فراهم سازد.