محدوده اکتشافی مسجد داغی جلفا در ورقه زمین شناسی 1:100000 جلفا قرار دارد. این محدوده از نظر زمین شناسی ساختاری بخشی از زون البرز باختری- آذربایجان (نبوی، 1355) است. قدیمی ترین رخنمونهای سنگی در محدوده مورد مطالعه مربوط به فلیشهای ائوسن است که به طور گسترده در بخش جنوبی و شمال خاوری محدوده دیده می شود. بخش دیگر رخنمونهای سنگی محدوده را به طور عمده مجموعه سنگهای آتشفشانی آندزیت- تراکی آندزیت تشکیل می دهد که براثر عملکرد توده های نفوذی درونی کوارتز مونزونیتی قرار گرفته و دگرسانی فیلیک و فیلیک کربناتی را در محدوده مورد مطالعه ایجاد کرده اند. کانی سازی به طور عمده در مجموعه آتشفشانی به صورت رگه های سیلیسی- باریتی نمود یافته است.مطالعات کانه نگاری و SEM در محدوده مورد مطالعه نشان دهنده وجود کانی سازی از نوع سولفیدی بخصوص سولفیدهای مس سرب و روی و انواع پیریت است که به صورت اولیه و ثانویه ظاهر شده اند. کانی سازی گالن و اسفالریت در رگه اصلی محدوده دیده شده و در بخش دگرسان شده گمانه های حفاری دیده نمی شود (حاجی علیلو، 1378).مطالعات SEM نشان دهنده عدم وجود طلا در کانه های سولفیدی است. از طرفی مطالعات میانبارهای سیال در محدوده نشان دهنده دمای پایین هنگام تشکیل کانه زایی طلا است (از 120 تا 150 درجه سانتی گراد) و مقدار شوری بسیار کم که نشان دهنده احتمالی عدم حمل طلا توسط کمپلکسهای کلریدی در این مرحله بوده است (Mehrpartou, 1993). بررسیها با توجه به عناصر پاراژنز، باطله و همچنین دگرسانی در اطراف رگه های سیلیسی نشان دهنده وجود یک کانسار مس پورفیری است طلا دار است، که رگه های طلادار از نوع اپی ترمال با سولفید بالا و در شکستگیهای وابسته به این سامانه پورفیری جایگزین شده است (Zoto, 1992).