وجود رنگدانه های آنتوسیانین در برنج و سایر گیاهان عامل اصلی تولید ساقه ارغوانی رنگ محسوب می شود. درک درست از مسیر بیوسنتزی آنتوسیانین باعث توسعه ابزار قدرتمندی در زمینه بیولوژی مولکولی و ژنتیک برنج می شود. برای مطالعه الگوی تفرق ژن آنتوسیانین ساقه تعداد 123 تک بوته از جمعیت F2 حاصل از تلاقی 18 33 DN/ ندا A، مورد مطالعه قرار گرفت. تک بوته های F2 بر اساس رنگ ساقه مورد ارزیابی و طبقه بندی قرار گرفتند. تعداد بوته های رنگی (ارغوانی) 83 و تعداد بوته های بی رنگ 40 بوته مشاهده گردید و نسبت تفرق 1 :075.2 بدست آمد. آماره c 2 برای این نسبت تفرق برابر با 48.3 بود که اختلاف معنی داری را از نسبت تفکیک 3:1 نشان نداد. این نسبت موید کنترل تک ژنی برای صفت مذکور می باشد. مطالعات مولکولی با استفاده از 59 نشانگر مولکولی SSR، 28 درصد پلی مورفیسم بین والدین را نشان دادند. آنالیز لینکاژ انجام شده روی بوته های مغلوب جمعیت F2 نشان داد که ژن آنتوسیانین ساقه روی بازوی کوتاه کروموزم شماره 6 برنج واقع بود ه و با نشانگر RM253 همبسته می باشد که در فاصله 15 سانتی مورگان از ژن مورد نظر قرار دارد.