زمینه و هدف: ریز RNA ها 23-21 نوکلئوتید طول دارند و بیان بعضی از آنها در بافت نرمال و توموری متفاوت است. در این مطالعه ما بیان miRNA-21 را در بافت تومورال روده بزرگ بیماران با نمونه طبیعی کنار آن مورد بررسی و مقایسه قرار دادیم.روش بررسی: در این مطالعه مورد- شاهدی که از فروردین تا بهمن 1392 در دانشگاه علوم پزشکی تهران انجام گردید، 35 نمونه سرطان کولورکتال بر مبنای ویژگی های کلینیکی و پاتولوژیکی شامل اندازه تومور، Stage سرطان و متاستاز گروه بندی شدند. سپس بررسی بیان با واکنش زنجیره پلیمراز با زمان واقعی (Real Time PCR) انجام شد.یافته ها: نسبت بیان miRNA-21 در Stage های I، II و III به ترتیب 1.804 و 4.574 به دست آمد اما تنها در Stage III این مقدار از نظر آماری معنادار بود (P=0.037). همچنین در بررسی بر اساس سایز تومور (4≤ و <4) نیز افزایش بیان به ترتیب 2.045 (P=0.505) و 1.242 (P=0.653) مشاهده شد. از طرف دیگر نمونه ها بر اساس متاستاز (+ و -) نیز بررسی شدند که هر دو گروه بیان افزایش یافته به ترتیب 2.545 (P=0.423) و 1.348 (P=0.741) را نشان دادند ولیکن هیچ کدام از نظر آماری معنادار نبود.نتیجه گیری: miRNA-21 در Stage III سرطان کولورکتال نسبت به بافت نرمال کنار آن بیان افزایش یافته معناداری دارد. این یعنی، شاید بتوان در آینده از miRNA-21 به عنوان یک بیومارکر پیش آگهی دهنده در تعیین نوع درمان در بیماران Stage III سرطان کولورکتال و یا به عنوان یک هدف مولکولی در طراحی استراتژی های جدید کنترل سرطان استفاده کرد.

کروموزوم فیلادلفیا در 95 درصد بیماران مبتلا به CML یافت می شود. این ترانسلوکاسیون در نتیجه انتقال دو طرفه ژن r از کروموزوم 22 و abl از کروموزوم 9 است. ژن حاصل از ترانسلوکاسیون یعنی bcr/abl در بررسی با PCR، عمدتا به دو در بیماران مبتلا به CML قابل مشاهده است. bcr/abl با اندازه های نوکلئوتیدی 234 bp و 304 bp این قطعه می توان با استفاده از PCR تکثیر و تشخیص داد. با این روش تشخیصی می توان یک سلول مبتلا را در میان یک میلیون سلول ردیابی کرد. اهمیت این روش کارایی آن در یافتن Minimal Residual Disease پس از پیوند مغز استخوان است. تشخیص RD در فاصله 12-6 ماه پس از پیوند یک فاکتور باارزش و مستقل برای پیش بینی احتمال عود در آینده است. در این مطالعه از تکثیر Multiplex nested RT-PCR برای شناسایی انواع ترانسلوکاسیونهای فیلادلفیا بر روی بیماران مبتلا به CML و بیماری که آلوژنیک مغز استخوان را دریافت کرده بود، استفاده شد. در این بیمار باند مربوط به bcr/abl ردیابی نشد و فقط بیان مربوط به مایکروگلبولین مشاهده گردید و به این وسیله MRD رد شد. همچنین تکنیک RD-PCR رقابتی جهت اندازه گیری بیان ژن bcr/abl راه اندازی گردید.

زمینه و هدف: کراتوسیستیک ادنتوژنیک تومور ضایعه ای موضعی مهاجم می باشد و توان برگشت مکرر را دارد. ماهیت و خصوصیات بالینی متفاوت آن زمینه ساز مطالعات مختلف سلولی - مولکولی و مقایسه آن با دیگر ضایعات ادنتوژنیک است. Fascin (فاسین) پروتئینی از خانواده اتصال دهنده های آکتین است که EXPRESSION آن در سیست ها و تومورهای ادنتوژنیک مورد بررسی قرار نگرفته است. هدف این مطالعه بررسی EXPRESSION نشانگر Fascin در کراتوسیستیک ادنتوژنیک تومور و سیست دانتی ژروس می باشد.روش بررسی: در این مطالعه مقطعی، 18 نمونه بلوک بافت شناختی کراتوسیستیک ادنتوژنیک تومور و نه مورد سیست دانتی ژروس انتخاب شد. سپس رنگ آمیزی ایمونوهیستوشیمی با استفاده از آنتی بادی بر علیه نشانگرFascin  برای تمامی نمونه ها صورت پذیرفت. بر اساس تعداد سلول های رنگ پذیرفته اپی تلیوم، ضایعات مورد نظر به چهار گروه تقسیم شدند. برای آنالیز آماری نتایج از تست Mann-Whitney-U استفاده گردید (P<0.05).یافته ها: EXPRESSION پروتئین Fascin در سرتاسر لایه اپی تلیوم سیست دانتی ژروس مشهود بود در حالی که در 50% از کراتوسیستیک ادنتوژنیک تومورها در لایه سلول های بازال و سلول های پاراکراتینیزه مجاور لومن سیست حضور این نشانگر منفی بود. از نظر آماری، اختلاف معنی دار این طرح EXPRESSION در دو ضایعه مورد بررسی نشان داده شد (p=0.01).نتیجه گیری: با توجه به طرح EXPRESSION نشانگر Fascin در این نوع ضایعات ادنتوژنیک شاید بتوان عنوان کرد که این پروتئین در پاتو‍ژنز و بیولوژی آنها نقش داشته باشد.

متیونین اولین اسید آمینه محدود کننده ای است که نقش مهمی در متابولیسم پروتئین و عملکرد سیستم ایمنی در جوجه ها دارد. اینترفرون گاما (IFNg) یکی از اجزا گروه سایتوکاین های ایمنی اختصاصی و عامل مهم فعال کننده ی ماکروفاژها می باشد. هدف از مطالعه حاضر، بررسی تأثیر سطوح مختلف اسید آمینه متیونین بر عملکرد سیستم ایمنی و بیان ژن IFNg در جوجه های گوشتی سویه آرین می باشد. به این منظور در این مطالعه با استفاده از480 قطعه جوجه در دوره رشد (14-28روزگی) در قالب طرح کاملاً تصادفی با 6 سطح اسید آمینه متیونین (29/0، 36/0، 43/0، 50/0، 57/0 و 64/0)، 4 تکرار و 20 جوجه در هر تکرار انجام شد. شاخص های مورد مطالعه شامل بررسی ایمنی همورال، اندازه گیری سلول های خونی و میزان بیان ژن IFNg بود. به منظور بررسی بیان ژن IFNg ابتدا کل RNA از بافت کبد استخراج و پس از ساخت cDNA، میزان بیان ژن با استفاده از روش Real--time PCR اندازه گیری شد. نتایج حاصل از بررسی بیان ژن IFNg در سطوح مختلف اسید آمینه متیونین اختلاف معنی داری را بین تیمار ها نشان داد (05/0p≤ )، بطوریکه بیان ژن IFNg با افزایش سطوح مصرف متیونین، از 29/0 درصد به 43/0 به طور معنی داری نسبت به گروه کنترل افزایش ولی تفاوت معنی داری بین سطوح متیونین 5/0، 57/0 و 64/0درصد مشاهده نشد. شاید یکی از دلایل افزایش بیان ژن IFNg بکارگیری سطوح مناسب متیونین در تیمارهای آزمایشی و بهره مندی از مزایای سطوح مناسب متیونین به منظور افزایش عملکرد سیستم ایمنی در پرنده باشد، هرچند که تحقیق حاضر در شرایط عادی پرورش و بدون چالش عوامل بیماری زا انجام شده است.

زمینه و هدف: اهمیت وضعیت گیرنده های هورمونی در سرطان سینه در زمینه تشخیص، پیش آگهی و پاسخ به هورمون درمانی ثابت شده است. تومورهایی که هم گیرنده پروژسترون و هم استروژن دارند، به هورمون درمانی بهتر از تومورهای فاقد گیرنده پاسخ می دهند؛ همچنین تشابه بین بافت پستان و غدد بزاقی به دلیل وجود ساختمانهای آسینی و مجاری اثبات گردیده و همراهی کارسینومای سینه و غدد بزاقی گزارش شده است. به این ترتیب این سوال مطرح می شود که آیا تومورهای غدد بزاقی گیرنده پروژسترون را express می کنند؟ ولی نتایج تحقیقات اخیر ضد و نقیض بوده و در این مورد اختلاف نظر زیادی وجود دارد. هدف از مطالعه حاضر، ارزیابی EXPRESSION گیرنده پروژسترون در پلئومورفیک آدنوما و آدنوئید سیستیک کارسینومای غده بزاقی بود. روش بررسی: در این مطالعه توصیفی، 29 بلوک پارافینه انتخاب گردید (14 نمونه پلئومورفیک آدنوما و 15 نمونه آدنوئید سیستیک کارسینوما) و مقاطع تهیه شده از آنها به روش هماتوکسیلین و ائوزین و سپس ایمونوهیستوشیمی با آنتی بادی پروژسترون رنگ آمیزی شد؛ سپس تعداد سلولهای رنگ گرفته با شمارش توسط Eye piece graticule (لنز مدرج چشمی) مشخص گردید. اگر میزان رنگ گرفتگی بیشتر از 5% بود، مثبت در نظر گرفته شد، و در صورتی که کمتر از 5% سلولها رنگ گرفته بودند، ایمونوراکتیویتی منفی محسوب گردید؛ همچنین وجود این گیرنده در پارانشیم تومور، سلولهای استروما (فیبروبلاست)، سلولهای آماسی و آندوتلیال عروق و غدد بزاقی اطراف تومور بررسی شد. یافته ها توسط آزمون آماری t و من ویتنی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند و P<0.05 به عنوان سطح معنی داری در نظر گرفته شد.یافته ها: EXPRESSION گیرنده پروژسترون در 15 نمونه آدنوئید سیستیک کارسینوما و 13 نمونه پلئومورفیک آدنوما منفی بود. تنها در یک نمونه پلئومورفیک آدنوما ایمونوراکتیویتی شدید با این نشانگر در تومور وجود داشت. در 12 نمونه غده بزاقی نرمال اطراف تومور ایمونوراکتیویتی خفیف تا متوسط مشاهده شد. در اکثر موارد، سلولهای اندوتلیال، فیبروبلاست و التهابی، هیچ گیرنده پروژسترونی را نشان ندادند.نتیجه گیری: نتایج مطالعه حاضر، عدم EXPRESSION گیرنده پروژسترون در آدنوئید سیستیک کارسینوما و پلئومورفیک آدنومای غدد بزاقی را نشان داد.

زمینه و هدف: سویه های باکتری هلیکوباکترپیلوری که دارای پروتئین Cag A (Cytotoxin associated GENE A) می باشند؛ استعداد بیشتری برای ایجاد بیماری دارند. این پروتئین بیماری زایی باکتری را با افزایش تولید سیتوتوکسین در سلول میزبان تسریع می نماید. این مطالعه به منظور تعیین فراوانی آنتی بادی ضد CagA در افراد آلوده به هلیکوباکترپیلوری در استان گلستان انجام شد.روش بررسی: این مطالعه توصیفی روی 676 نفر از افراد آلوده به هلیکوباکترپیلوری در استان گلستان طی سال 1387 انجام گردید. در این افراد وجود آنتی بادی ضد CagA از کلاس IgG به روش الیزا تعیین شد. داده ها با استفاده از آزمون آماری کای اسکوئر در نرم افزار آماری SPSS-16 تجزیه و تحلیل شدند. سطح معنی داری کمتر از 0.05 در نظر گرفته شد.یافته ها: فراوانی آنتی بادی ضد Cag A در افراد آلوده به هیلکوباکترپیلوری  57.7درصد(95% CI:539-61.4) برآورد گردید. این فراوانی در مردان  56.3درصد و در زنان  58.9درصد بود. گروه سنی 15 -24 سال و کودکان زیر 5 سال با شیوع 63.4 درصد و  26.3درصد بالاترین و کمترین فراوانی را داشتند. گروه قومی سیستانی با شیوع  67.2درصد نسبت به گروه های قومی ترکمن ( 57.5درصد) و فارس ( 53.6درصد) بیشترین موارد آنتی بادی را نشان دادند. توزیع این سویه ها در ساکنین روستا ( 58.1درصد) بیش از شهر ( 57.1درصد) بود. توزیع فراوانی موارد مثبت CagA در شهر مینودشت در شرق استان (78 درصد) بالاتر و بندرگز در غرب (44 درصد) پایین تر از بقیه بود.نتیجه گیری: این مطالعه نشان داد که فراوانی سویه های CagA مثبت افراد آلوده با هلیکوباکترپیلوری در استان گلستان مشابه بسیاری از مناطق دیگر ایران، آسیا و اروپا است؛ ولی از مناطق آفریقایی بالاتر است.

رمزگشایی توالی DNA برای همه شاخه های علوم زیستی، حیاتی است. توالی یابی نسل جدید (NGS)، رویکردی متفاوت در توالی یابی است که تحولی عظیم در علم زیست شناسی ایجاد کرده و جنبه های مختلفی از مطالعات در سطح ژنوم، ترنسکریپتوم، اپی ژنوم و متاژنوم را پوشش می دهد. در مقایسه با روش های سنتی، نسل جدید توالی یابی، با فراهم کردن پوشش بالای ژنومی، تفکیک پذیری در حد تک تک جفت بازها و رفع معایب نسل اول توالی یابی (توالی یابی سانگر)، روشی با کارآیی بالا برای آنالیز اطلاعات ژنومی و ترنسکریپتومی است. استفاده از نسل جدید توالی یابی برای بررسی ترنسکریپتوم موجودات زنده مدل و غیرمدل از سال های 2005 و 2006 پس از تجاری شدن دستگاه های شرکت های مختلف مثل ABI/SOLiD Illumina، Roch/454 Life Science و Solexa آغاز شده است. در سال های اخیر تکنیک توالی یابی RNA برای شناسایی ژن های مرتبط با فرآیندهای رشدونموی و بررسی الگوهای بیان آنها در پاسخ به انواع تنش های زیستی و غیرزیستی، در اندام ها و مراحل متعدد رشدی در موجودات مختلف و همچنین میزان بیان ژن ها، تفکیک ایزوفرم های مختلف از یکدیگر، شناسایی امتزاج ژن ها، یافتن چندشکلی های تک نوکلئوتیدی (SNP)، عناصر تکراری، وقایع اتصال جایگزین، پیداکردن اسیدهای ریبونوکلئیک غیررمزگر، پیداکردن اگزون های ژنی و رونوشت های جدید، مناطق غیرترجمه شونده (UTR)، جهش های پیکری و غیره، به طور گسترده استفاده می شود. روش توالی یابی RNA شامل شناسایی نمونه های زیستی مناسب، استخراج RNAکل، غنی سازی RNAهای غیرریبوزومی، تبدیل RNA به cDNA و ساخت کتابخانه های توالی یابی، انتخاب قطعات براساس اندازه، اضافه کردن لینکرها، استفاده از توالی یاب ها یا پلت فرم های با توان عملیاتی بالا به منظور تولید صدها میلیون خوانش کوتاه، استفاده از نرم افزارهای خاصی به منظور کنترل کیفیت و تطابق خوانش ها با ژنوم مرجع یا ترنسکریپتوم، نقشه بردای و آنالیزهای پایین دستی است.