Start: 2/7/2023 10:17:36 PMEnd: 2/7/2023 10:17:37 PM >> 241

مقاله مقاله نشریه

مشخصات مقاله

video

sound

نسخه انگلیسی

بازدید:

117

دانلود:

66

استناد:

اطلاعات مقاله نشریه

عنوان

PSNetAl: الگوریتمی جدید جهت ردیف بندی ساختاری چندتایی در پروتئین ها بر مبنای جور سازی گراف ها

صفحات

 صفحه شروع 93 | صفحه پایان 110

چکیده

 با افزایش روزافزون تعداد ساختارهای اضافه شده به پایگاه های اطلاعاتی نظیر PDB, اهمیت مقایسه ی ساختاری پروتئین ها به منظور بررسی روابط تکاملی بین خانواده های مختلف, پیشگویی ساختار و عملکرد در پروتئین های تعیین ساختار نشده و نیز طبقه بندی ساختاری در پروتئین ها ضروری به نظر می رسد. برنامه های همردیفی ساختاری در پروتئین ها به دلیل حجم بالای محاسبات در مقایسه با روش های متداول ردیف بندی توالی ها کندتر هستند و جواب های تخمینی را ارائه می کنند. از اینرو, طراحی الگوریتم های جدید در این زمینه یک مسئله ی باز محسوب می شود. هدف از این تحقیق, ارائه ی الگوریتمی جدید بر مبنای منطبق سازی گراف ها جهت انجام ردیف بندی های ساختاری چندتایی در پروتئین ها با استفاده ازبرنامه ی NetAl است. ورودی برنامه ی PSNetAl فایل های ساختاری پروتئین به فرمت PDB است. برای تمامی فایل های ساختارهای پروتئین, گراف های غیرجهت دار و مبتنی بر فاصله ساخته می شود و با استفاده از الگوریتمی پیشرونده, همردیفی چندتایی شبکه ها انجام می شود. بزرگترین زیرگراف مشترک حاصل از همردیفی های چندتایی در انتهای برنامه شامل رأس های مشترک میان تمامی ساختارهای ورودی است. چنانچه میان ساختارهای ورودی شباهت های ساختاری و تکاملی وجود داشته باشد, انتظار می رود که موتیف های ساختاری مشترک با انجام همردیفی چندتایی شبکه ها در بزرگترین زیرگراف مشترک قابل مشاهده باشند. به منظور بررسی عملکرد برنامه, مجموعه داده ای شامل 76 خانواده ی پروتئینی با متوسط یکسانی بیش از 50% و حداقل دارای سه عضو از پایگاه داده ی HOMSTRAD استخراج شد. نتایج حاصل از این خانواده ها نشان می دهد که همردیفی های ساختاری بدرستی انجام شده است و در نتیجه ی آن در 67 خانواده از مجموع 76 خانواده بیش از 90% موتیف های ساختاری در بزرگترین زیرگراف مشترک دیده می شود.

استنادها

  • ثبت نشده است.

    • ارجاعات

  • ثبت نشده است.

    • مقالات مرتبط نشریه ای

    مقالات مرتبط همایشی

  • ثبت نشده است.

    • طرح های مرتبط

  • ثبت نشده است.

    • کارگاه های پیشنهادی

    استناددهی