مقاله مقاله نشریه

مشخصات مقاله

video

sound

نسخه انگلیسی

بازدید:

182

دانلود:

97

استناد:

اطلاعات مقاله نشریه

عنوان

بررسی تنوع ساختاری ژنگان سگ و گرگ بومی ایران با روش توالی یابی کل ژنوم

صفحات

 صفحه شروع 271 | صفحه پایان 277

چکیده

 در این پژوهش, از سه قلاده سگ و سه قلادة گرگ بومی ایران نمونه گیری شد. توالی یابی کل ژنگان (ژنوم) برای هر نمونه سگ و گرگ با استفاده از روش توالی یابی نسل جدید انجام شد. داده ها توسط برنامة BWA با ژنگان مرجع (رفرنس) همردیف شدند. چندریختی های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه های کوچک ژنگان با برنامة GATK شناسایی شد ند. تغییرپذیری (واریانت) های ساختاری با برنامة BreakDancer-1. 1تعیین شدند. مستندسازی چندریختی های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه های کوچک ژنگان با برنامةSnpEff انجام شد. مقادیر تنوع نوکلئوتیدی در نمونه های سگ و گرگ با VCFtools محاسبه شد ند. در این پژوهش 12459651 چندریختی تک نوکلئوتیدی به دست آمد که 7819789 و 10454994 به ترتیب مربوط به نمونه های سگ و گرگ بودند. از شمار کل چندریختی های تک نوکلئوتیدی 57/53, 989/31 و 811/0 درصد به ترتیب در ناحیة بین ژنی, اینترون و اگزون قرار گرفتند. نتایج تجزیه وتحلیل داده ها نشان داد که تنوع ساختاری در ژنگان گرگ بیشتر از سگ است.

استنادها

  • ثبت نشده است.
  • ارجاعات

  • ثبت نشده است.
  • مقالات مرتبط نشریه ای

    مقالات مرتبط همایشی

  • ثبت نشده است.
  • طرح های مرتبط

  • ثبت نشده است.
  • کارگاه های پیشنهادی

    کارگاه های پیشنهادی