امروزه اطلاعات اندكي در مورد نوع سيستم مورد استفاده و همچنين بسترهاي كاشت بهينه براي محصولات عمده نظير فلفل وجود دارد و اندازه گيري شاخص هاي اكوفيزيولوژيك گياه ميتواند به عنوان يك معيار خوب جهت انتخاب محيط هاي مناسب كشت استفاده شود. در اين پژوهش خصوصيات اكوفيزيولوژيكي گياه فلفل در دو سيستم هيدروپونيك و آكواپونيك مورد بررسي قرار گرفت. اندازه گيري پارامترهاي فتوسنتزي و روابط آبي نشان داد كه ميزان فتوسنتز، هدايت روزنه اي، تعرق، تشعشع فعال فتوسنتزي و كارآيي مصرف آب در تيمار آكواپونيك بالاتر از گياهان كشت شده در سيستم هيدروپونيك بوده و ميزان مقاومت روزنهاي و CO2 زير روزنهاي در تيمار هيدروپونيك بالاتر بود. از نظر دماي سطح برگ و كارآيي مصرف آب دو تيمار هيدروپونيك و آكواپونيك تفاوت معني داري را نشان ندادند.