تشخيص اختلال دو قطبي نيازمند وجود يک دوره مانيا يا هيپومانيا است. با اين حال در بيش از نيمي از مبتلايان به اين اختلال، بيماري با يک دوره افسردگي آغاز مي شود. درمان افسردگي دو قطبي با دارهاي ضد افسردگي مي تواند به القاي دوره اي از مانيا يا هيپومانيا بيانجامد. از اين رو در افرادي که نخستين دوره افسردگي خود را تجربه مي کنند، تشخيص درست افسردگي دوقطبي از افسردگي تک قطبي يک چالش تشخيص و درماني برجسته به شمار مي رود. از سوي ديگر مبتلايان به اختلال دو قطبي در سير بيماري خود بيش از آن که علائم مانيا يا هيپومانيا را تجربه کنند، علائم افسردگي را نشان مي دهند و درمان افسردگي در اين گروه با افسردگي تک قطبي تفاوت دارد. ويژگي هاي باليني اين دو نوع افسردگي مي توانند در افتراق آنها به کار گرفته شوند؛ اما اين ويژگي ها براي تشخيص اين دو نوع افسردگي از يکديگر به اندازه کافي معتبر نيستند. در حال حاضر الگوهاي گوناگوني را مي توان براي توجيه ويژگي هاي باليني و زيست شناختي افسردگي دوقطبي و تک قطبي مطرح کرد. در اين نوشتار بر پايه شواهد موجود، ويژگي هاي پي- زيست شناختي(neuro-biological) اين دونوع افسردگي مورد بررسي و مقايسه قرار خواهد گرفت.