برای اطلاع از آخرین مقالات علمی و اخبار کرونا(COVID-19) کلیک کنید

مشخصات مقاله

عنوان: 

شناسايي سريع باکتري هاي ريزوسفري بر اساس ژن 16S rRNA با استفاده از روش بيوانفورماتيکي BIBI

نوع ارائه: مقاله
نویسنده: مزيناني زهره*,امين افشار مهدي,اصغرزاده احمد,چمني محمد
 
 *دانشگاه آزاد اسلامي، واحد علوم و تحقيقات تهران، گروه بيوتکنولوژي، تهران، ايران
 
عنوان همایش: کنگره ژنتيك ايران
نوع همایش:  انجمن هاي علمي
حامی:  انجمن ژنتیک ایران، مرکز ملی ذخایر ژنتیک و زیستی ایران
زمان:  1393دوره 13
 
 
چکیده: 
fiogf49gjkf0d

در ميان باکتري هاي ريزوسفري محرک رشد گياه (PGRP) توجه زيادي به باکتري هاي جنس ازتوباکتر و نقش آنها در افزايش رشد و سلامت گياه شده است. با توجه به اهميت اين باکتري ها تلاش هاي زيادي براي شناسايي و استفاده از آنها صورت گرفته است، ولي تا کنون گزارشي مبني بر شناسايي مولکولي اين باکتري در کشور ارائه نشده است. در اين تحقيق تعداد 15 نمونه خاک ريزوسفري از عمق 10 الي 30 سانتي متري مزارع تحت کشت گندم در استان هاي مختلف کشور جمع آوري گرديد. به منظور جداسازي ايزوله ها از محيط کشت اختصاصي Jensen و خالص سازي آنها بر روي اين محيط کشت استفاده گرديد. شناسايي جدايه ها با استفاده از ژن 16S rRNA و بر اساس ابزار بيوانفورماتيکي BIBI صورت گرفت. بدين منظور پس از استخراج DNA ژنومي ايزوله هاي جداسازي شده و تکثير توالي 1500 جفت بازي اين ژن با استفاده از پرايمرهاي عمومي 27f و 1495r ناحيه تکثير شده توالي يابي گرديد. سپس توالي سويه مورد نظر با توالي سويه هاي ذخيره شده در بانک اطلاعات ژني تطبيق داده شد و فاصله فيلوژنتيک آنها مشخص گرديد. به منظور بررسي فاصله فيلوژنتيک از ابزار بيوانفورماتيکي BIBI که براي شناسايي باکتري ها با استفاده از آناليز توالي DNA طراحي شده است، استفاده گرديد. اين ابزار به طور همزمان از دو نرم افزار Blast و Clustal W استفاده مي کند و نتايج را به صورت 3 فايل متفاوت: (1) هم ترازي توالي، (2) درخت فيلوژنتيک و (3) فاصله هاي فيلوژنتيک ارائه مي کند. در نهايت پس از ترسيم درخت فيلوژنتيکي مشخص شد که سويه مورد نظر متعلق به جنس ازتوباکتر و گونه کروکوکوم مي باشد. اين مقايسه ارتباط ميان ميکروارگانيسم ها را در سطح جنس در تمام شاخه هاي اصلي باکتري مشخص مي سازد. علاوه بر اين با ترسيم درخت فيلوژنتيک و تعيين فاصله فيلوژنتيک، سويه ها در سطح گونه نيز طبقه بندي خواهند شد.

 
کلید واژه: ازتوباکتر، PGRP، ژن 16S rRNA ،BIBI
 
مقالات نشریه ای مرتبط: 
 
مقالات همایشی مرتبط: 
 
 
بازدید یکساله 186  
 
آخرین های بلاگ
ورود به بلاگ مرکز اطلاعات علمی