4 SID.ir | به کارگيري روش هاي خوشه بندي در ريزآرايه DNA

مشخصات مقاله

عنوان نشریه: 
 
عنوان مقاله: 

به کارگيري روش هاي خوشه بندي در ريزآرايه DNA

 
نویسندگان: 
 
آدرس:  
* تهران، دانشگاه علوم پزشكي شهيد بهشتي، گروه آمار زيستي دانشکده پيراپزشکي
 
چکیده: 

سابقه و هدف: به کارگيري فناوري ريزآرايه DNA كه امكان بررسي بيان هزاران ژن را به طور هم زمان در حداقل زمان ممكن مي سازد، در سال هاي اخير موجب توليد حجم انبوهي از داده هاي بيان ژني شده است. تحليل آماري اين داده ها شامل مواردي چون نرمال سازي، خوشه بندي، طبقه بندي است. هدف اين مقاله بررسي نحوه به کارگيري روش هاي آماري خوشه بندي در داده هاي ريز آرايه DNA است.
روش بررسي: در اين تحقيق داده هاي سرطان پستان وانت ور و همکاران (2002) مربوط به جهش هاي ژنتيکي BRCA1 و BRCA2، تحليل شده است. مجموعه داده ها شامل 18بيمار با جهش BRCA1 و 2 بيمار با جهش BRCA2 است. داده هاي بيان ژني سرطان پستان با استفاده از روش هاي آماري سلسله مراتبي و غير سلسله مراتبي خوشه بندي گرديد. در هر دو روش خوشه بندي، داده ها به دو خوشه تقسيم شدند. روش هاي مختلف خوشه بندي با توجه به گروه بندي واقعي (BRCA1، BRCA2) مقايسه شدند. نرم افزار R براي تحليل داده ها استفاده شد.
يافته ها: ويژگي روش خوشه بندي سلسله مراتبي در تشخيص ژن BRCA1، 94 درصد و حساسيت آن 100 درصد بدست آمد. ويژگي روش خوشه بندي غير سلسله مراتبي در تشخيص ژن BRCA1، 89 درصد و حساسيت آن 100 درصد بدست آمد كه نشان دهنده عملكرد مناسب دو روش خوشه بندي است. روش خوشه بندي سلسله مراتبي بر اساس ادغام بر حسب ميانگين مناسب ترين روش در بين همه روش هاي بررسي شده است. نمونه شماره 95 طبق نتايج همگي روش هاي خوشه بندي در گروه BRCA2 قرار گرفت در صورتي که بر اساس يافته هاي باليني در گروهBRCA1 قرار دارد.
نتيجه گيري: با توجه به انطباق قابل توجه نتايج خوشه بندي با گروه بندي واقعي داده ها، مي توان از اين روش هاي آماري در مواردي که اطلاع دقيقي از گروه بندي واقعي داده ها در دست نيست، استفاده کرد. به علاوه نتايج خوشه بندي ممکن است زير گروه هايي از نمونه ها را به نحوي متمايز کند که براي انطباق آن با يافته هاي باليني، پژوهش هاي آزمايشگاهي يا باليني جديدي لازم باشد.

 
كلید واژه: 

 
موضوعات مرتبط: 
 
ارجاعات: 
  • ندارد
 
 
مقالات نشریه ای مرتبط: 
 
مقالات همایشی مرتبط: 
 

  چکیده انگلیسی بازدید یکساله 170
 
 
آخرین های بلاگ
ورود به بلاگ مرکز اطلاعات علمی