مشخصات مقاله

عنوان نشریه: 
 
عنوان مقاله: 

شبيه سازي ديناميک مولکولي OmpF در غشا دولايه دوقلو: مطالعه رفتار متفاوت پروتئين OmpF در يک سيستم با حضور غلظت هاي يوني نامتقارن

 
نویسندگان: 
 
آدرس:  
* گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران
 
چکیده: 
يکي از پروتئين هاي غشاي خارجي باکتري اشريشيا کلي (E. coli) OmpF است که امکان عبور يون ها را ميسر مي سازد. در ساليان اخير روش هاي متنوع تجربي و تئوري براي مطالعه اين پروتئين مورد استفاده قرار گرفته است. در اين مطالعه به منظور حفظ شرايط مرزي از دو غشاي دولايه در يک جعبه شبيه سازي براي بررسي تغييرات کانال در حين عبور يون ها استفاده شده است. غلظت هاي يوني متفاوت در دو طرف غشا اعمال شده است تا شرايط شبيه سازي به شرايط واقعي باکتري بيشتر شباهت داشته باشد. در اين شبيه سازي دو سيستم مشابه هم درون يک جعبه شبيه سازي قرار گرفته اند. براي بررسي بيشتر در اين دو سيستم جهت گيري کانال پروتئيني نسب به شيب غلظت يوني در هر دو جهت اعمال شده است. در اين تحقيق به بررسي اينکه در انتقال يوني جهت گيري ارجح براي اين کانال وجود دارد يا خير پرداخته مي شود. آناليزهاي ساختاري براي پروتئين در دو جهت گيري نشان دهنده تفاوت بين دو کانال است همچنين الگوهاي مربوط به بررسي هاي ساختار دوم با وجود پيک هاي مشابه در برخي نقاط متفاوت بود. نتايج بررسي اسيدهاي آمينه درون گذرگاه و حفره درون کانال نيز براي ساختار انتهايي پروتئين دوم متفاوت از ساختار انتهايي پروتئين اول بود. همچنين عبور يون در پروتئين دوم مشاهده نشد. نتايج نشانگر اين است که يکي از کانال ها که جهت گيري آن مشابه با جهت گيري واقعي اين کانال در غشاي باکتري است در طول اين شبيه سازي 100نانوثانيه اي باز و عبور يون از آن قابل مشاهده و پيگيري است، در حالي که کانال ديگر که جهت آن برعکس آنچه در طبيعت وجود دارد، بسته شده که نشان دهنده اثرات شيب غلظت يوني روي کانال است.
 
کلید واژه: 

 
موضوعات مرتبط: 
-
 
ارجاعات: 
  • ندارد
 
 
مقالات نشریه ای مرتبط: 
  • ندارد
 
مقالات همایشی مرتبط: 
  • ندارد
 

  چکیده انگلیسی بازدید یکساله 44
 
 
آخرین های بلاگ
ورود به بلاگ مرکز اطلاعات علمی