مشخصات مقاله

عنوان نشریه: 
 
عنوان مقاله: 

PSNetAl: الگوريتمي جديد جهت رديف بندي ساختاري چندتايي در پروتئين ها بر مبناي جور سازي گراف ها

 
نویسندگان: 
 
آدرس:  
* گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران
 
چکیده: 
با افزايش روزافزون تعداد ساختارهاي اضافه شده به پايگاه هاي اطلاعاتي نظير PDB، اهميت مقايسه ي ساختاري پروتئين ها به منظور بررسي روابط تکاملي بين خانواده هاي مختلف، پيشگويي ساختار و عملکرد در پروتئين هاي تعيين ساختار نشده و نيز طبقه بندي ساختاري در پروتئين ها ضروري به نظر مي رسد. برنامه هاي همرديفي ساختاري در پروتئين ها به دليل حجم بالاي محاسبات در مقايسه با روش هاي متداول رديف بندي توالي ها کندتر هستند و جواب هاي تخميني را ارائه مي کنند. از اينرو، طراحي الگوريتم هاي جديد در اين زمينه يک مسئله ي باز محسوب مي شود. هدف از اين تحقيق، ارائه ي الگوريتمي جديد بر مبناي منطبق سازي گراف ها جهت انجام رديف بندي هاي ساختاري چندتايي در پروتئين ها با استفاده ازبرنامه ي NetAl است. ورودي برنامه ي PSNetAl فايل هاي ساختاري پروتئين به فرمت PDB است. براي تمامي فايل هاي ساختارهاي پروتئين، گراف هاي غيرجهت دار و مبتني بر فاصله ساخته مي شود و با استفاده از الگوريتمي پيشرونده، همرديفي چندتايي شبکه ها انجام مي شود. بزرگترين زيرگراف مشترک حاصل از همرديفي هاي چندتايي در انتهاي برنامه شامل رأس هاي مشترک ميان تمامي ساختارهاي ورودي است. چنانچه ميان ساختارهاي ورودي شباهت هاي ساختاري و تکاملي وجود داشته باشد، انتظار مي رود که موتيف هاي ساختاري مشترک با انجام همرديفي چندتايي شبکه ها در بزرگترين زيرگراف مشترک قابل مشاهده باشند. به منظور بررسي عملکرد برنامه، مجموعه داده اي شامل 76 خانواده ي پروتئيني با متوسط يکساني بيش از 50% و حداقل داراي سه عضو از پايگاه داده ي HOMSTRAD استخراج شد. نتايج حاصل از اين خانواده ها نشان مي دهد که همرديفي هاي ساختاري بدرستي انجام شده است و در نتيجه ي آن در 67 خانواده از مجموع 76 خانواده بيش از 90% موتيف هاي ساختاري در بزرگترين زيرگراف مشترک ديده مي شود.
 
کلید واژه: 

 
موضوعات مرتبط: 
-
 
ارجاعات: 
  • ندارد
 
 
مقالات نشریه ای مرتبط: 
 
مقالات همایشی مرتبط: 
 

  بازدید یکساله 39
 
 
آخرین های بلاگ
ورود به بلاگ مرکز اطلاعات علمی