3 SID.ir | بررسي تنوع ساختاري ژنگان سگ و گرگ بومي ايران با روش توالي يابي کل ژنوم

مشخصات مقاله

 
عنوان مقاله: 

بررسي تنوع ساختاري ژنگان سگ و گرگ بومي ايران با روش توالي يابي کل ژنوم

 
نویسندگان: 
 
آدرس:  
* بخش مهندسي علوم دامي، دانشکده کشاورزي، دانشگاه شهيد باهنر کرمان، کرمان، ايران
 
چکیده: 
در اين پژوهش، از سه قلاده سگ و سه قلادة گرگ بومي ايران نمونه گيري شد. توالي يابي کل ژنگان (ژنوم) براي هر نمونه سگ و گرگ با استفاده از روش توالي يابي نسل جديد انجام شد. داده ها توسط برنامة BWA با ژنگان مرجع (رفرنس) همرديف شدند. چندريختي هاي تک نوکلئوتيدي و حذف و اضافه هاي کوچک ژنگان با برنامة GATK شناسايي شد ند. تغييرپذيري (واريانت) هاي ساختاري با برنامة BreakDancer-1. 1تعيين شدند. مستندسازي چندريختي هاي تک نوکلئوتيدي و حذف و اضافه هاي کوچک ژنگان با برنامةSnpEff انجام شد. مقادير تنوع نوکلئوتيدي در نمونه هاي سگ و گرگ با VCFtools محاسبه شد ند. در اين پژوهش 12459651 چندريختي تک نوکلئوتيدي به دست آمد که 7819789 و 10454994 به ترتيب مربوط به نمونه هاي سگ و گرگ بودند. از شمار کل چندريختي هاي تک نوکلئوتيدي 57/53، 989/31 و 811/0 درصد به ترتيب در ناحية بين ژني، اينترون و اگزون قرار گرفتند. نتايج تجزيه وتحليل داده ها نشان داد که تنوع ساختاري در ژنگان گرگ بيشتر از سگ است.
 
كلید واژه: 

 
موضوعات مرتبط: 
-
 
ارجاعات: 
  • ندارد
 
 
مقالات نشریه ای مرتبط: 
 
مقالات همایشی مرتبط: 
 

  چکیده انگلیسی بازدید یکساله 16
 
 
آخرین های بلاگ
ورود به بلاگ مرکز اطلاعات علمی