ارزيابي کارايي تکنيک نمونه گيري تجمعي بوت استرپ بر صحت روش بهترين پيش بيني نااُريب خطي ژنومي

خيرآبادي خبات; فياضي جمال; روشن فکر هدايت اله; عبدالهي آرپناهي رستم

مشخصات مقاله

عنوان نشریه:

علوم دامي ايران ( علوم كشاورزي ايران) : زمستان 1396 , دوره 48 , شماره 4 #r00385 ; از صفحه 573 تا صفحه 584 .

عنوان مقاله:

ارزيابي کارايي تکنيک نمونه گيري تجمعي بوت استرپ بر صحت روش بهترين پيش بيني نااُريب خطي ژنومي

نویسندگان:

خيرآبادي خبات, فياضي جمال*, روشن فکر هدايت اله, عبدالهي آرپناهي رستم

آدرس:

* گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی، خوزستان

چکیده:

به منظور افزايش صحت ارزيابي هاي روش بهترين پيش بيني نااُريب خطي ژنومي (GBLUP)، تکنيک نمونه گيري تجمعي بوت استرپ (بگينگ) بکار گرفته شد. بدين منظور ژنومي حاوي 10000 نشانگر تک نوکلئوتيدي دو آللي (SNP) با فواصل يکسان روي 10 کروموزوم هريک به طول 100 سانتي مورگان شبيه سازي شد. براي ايجاد عدم تعادل پيوستگي (LD) بين SNPها و جايگاه هاي ژني کنترل کنندة صفات کمي (QTL)، به مدت 100 نسل بين 100 فرد (50 نر و 50 ماده) آميزش تصادفي صورت گرفت. در نسل 101 (جمعيت مرجع) تعداد نمونه ها به 1000 يا 2000 فرد افزايش يافت و براي اين افراد يک ارزش فنوتيپي شبيه سازي شد. سپس اثر نشانگرها در اين جمعيت با استفاده از روش GBLUP و روش ترکيبي GBLUP با تکنيک بگينگ (BGBLUP) برآورد گرديد. در آخر با استفاده از ضرايب رگرسيوني برآورد شده و با توجه به ژنوتيپ نشانگرها براي افراد جوان نسل هاي 102 تا 105 که جمعيت تائيد نام دارند و فاقد فنوتيپ اند، ارزش هاي اصلاحي ژنومي محاسبه شد. براساس نتايج پژوهش حاضر، صحت ارزش هاي اصلاحي ژنومي روش GBLUP در همة حالات از حيث عددي بالاتر از BGBLUP بوده (p > 0. 05) و در مورد نسل اول جمعيت تائيد (نسل 102) و بدون توجه به توزيع آثار جايگزيني ژنها، با جمعيتي برابر 1000 (يا 2000) فرد در جمعيت مرجع دامنة صحت ارزش هاي اصلاحي ژنومي روش GBLUP از 049/0± 339/0 (042/0± 412/0) براي صفت با توارث پذيري 5 درصد تا 015/0± 728/0 (015/0± 783/0) براي صفت با توارث پذيري 65 درصد متفاوت بود و مقادير مشابه براي روش BGBLUP نيز به ترتيب 047/0± 338/0 (042/0± 411/0) و 016/0± 725/0 (015/0± 780/0) بود.

کلید واژه:

انتخاب ژنومي(Q1)تکنيک بگينگ(Q1)صحت ارزيابي(Q1)