تأثير مستندسازي نژادگان و معماري هاي مختلف ژنگاني بر عملکرد روش هاي جنگل تصادفي و بيز آستانه اي A در پيش بيني ژنگاني

نادري يوسف

مشخصات مقاله

عنوان نشریه:

علوم دامي ايران ( علوم كشاورزي ايران)

اطلاعات شماره:

بهار 1397 , دوره 49 , شماره 1 ; از صفحه 145 تا صفحه 157 .

عنوان مقاله:

تأثير مستندسازي نژادگان و معماري هاي مختلف ژنگاني بر عملکرد روش هاي جنگل تصادفي و بيز آستانه اي A در پيش بيني ژنگاني

نویسندگان:

نادري يوسف*

آدرس:

* دانشگاه آزاد آستارا

چکیده:

انتخاب ژنگاني (ژنومي) با بهره گيري از مستندسازي (ايمپيوتيشن) مي تواند نقش مهمي در افزايش بهره وري اقتصادي و پيشرفت ژنتيکي صفات آستانه اي ايفا کند. هدف اين تحقيق بررسي درستي مستندسازي و تأثير آن در سطح زير منحني مشخصه ي عملکرد (AUROC) ارزيابي ژنگاني روش هاي بيز آستانه اي A(TBA) و جنگل تصادفي (RF) در ويژگي هاي آستانه اي با معماري هاي مختلف ژنگاني است. داده هاي ژنگاني براي سطوح متفاوت وراثت پذيري (1/0 و 3/0)، سطوح مختلف LD (135/0 و 295/0) و شمار متفاوت جايگاه هاي ويژگي هاي کمي (108 و 1080) روي کروموزم 27 کروموزم همانند سازي شدند. براي همانندسازي شرايط واقعي براي هر پيش فرض (سناريو)، از بين 54 هزار نشانگر همانندسازي شده به طور تصادفي اقدام به حذف 50 درصد و 90 درصد نشانگرها کرده و در مرحله ي بعد با مستندسازي اقدام به پيش بيني نژادگان (ژنوتيپ) نشانگرها کرده و درستي مستندسازي ارزيابي شد. در گام آخر، نژادگان هاي اصلي و مستند شده با استفاده از روش TBA و RF براي ارزيابي AUROC استفاده شدند. با افزايش سطح LD و کاهش ميزان حذف نشانگرها، درستي مستندسازي بهبود يافت. ميانگين AUROC پيش فرض هاي همانندسازي شده براي جنگل تصادفي و TBA به ترتيب 64/0 و 66/0 بود. استفاده از نژادگان هاي مستند شده با ميزان حذف 50 درصد و 90 درصد، به ترتيب AUROC را به ميزان 013/0 و 02/0 براي RF و 018/0 و 026/0 براي TBA کاهش داد. به رغم AUROC بالاي روش بيز آستانه اي A در پيش فرض هاي مختلف، روش جنگل تصادفي عملکرد بهتري در شمار بالاي QTL نشان داد. به طورکلي استفاده از نژادگان هاي مستند شده (k5) مي تواند راهکار مهمي براي کاهش هزينه هاي ارزيابي ژنگاني باشد.

کلید واژه:

درستي مستندسازي(Q1)نبود تعادل پيوستگي(Q1)ميزان نژادگان ازدست رفته(Q1)همانندسازي(Q1)AUROC(Q1)

چارک 1 این موضوع در حوزۀ علمی خود، در چارک اول تازگی است.
یعنی استقبال پژوهشگران از این موضوع خیلی زیاد است.
چارک 2 این موضوع در حوزۀ علمی خود، در چارک دوم تازگی است.
یعنی استقبال پژوهشگران از این موضوع زیاد است.
چارک 3 این موضوع در حوزۀ علمی خود، در چارک سوم تازگی است.
یعنی استقبال پژوهشگران از این موضوع کم است.
چارک 4 این موضوع در حوزۀ علمی خود، در چارک چهارم تازگی است.
یعنی استقبال پژوهشگران از این موضوع خیلی کم است.

موضوعات مرتبط:

پژوهش های پزشکی راهنمای اخلاقی کمیته اخلاق همانند سازی هیپوکسی ایسکیمی

مقالات نشریه ای مرتبط:

مقالات همایشی مرتبط:

ندارد

مقالات بین المللی مرتبط:

ارتباط خیلی زیاد ارتباط زیاد مرتبط ارتباط کمتر

ارجاعات:

ثبت نشده است

استنادات:

ثبت نشده است

+جهت ارجاع به این مقاله کلیک کنید(Cite).

APA : کپی

نادری، ی. (1397). تأثیر مستندسازی نژادگان و معماری های مختلف ژنگانی بر عملکرد روش های جنگل تصادفی و بیز آستانه ای A در پیش بینی ژنگانی. علوم دامی ایران ( علوم کشاورزی ایران), 49(1 ), 145-157. https://www.sid.ir/fa/journal/ViewPaper.aspx?id=467322

Vancouver : کپی

نادری یوسف. تأثیر مستندسازی نژادگان و معماری های مختلف ژنگانی بر عملکرد روش های جنگل تصادفی و بیز آستانه ای A در پیش بینی ژنگانی. علوم دامی ایران ( علوم کشاورزی ایران). 1397 [cited 2022January28];49(1 ):145-157. Available from: https://www.sid.ir/fa/journal/ViewPaper.aspx?id=467322

IEEE : کپی

نادری، ی.، 1397. تأثیر مستندسازی نژادگان و معماری های مختلف ژنگانی بر عملکرد روش های جنگل تصادفی و بیز آستانه ای A در پیش بینی ژنگانی. علوم دامی ایران ( علوم کشاورزی ایران), [online] 49(1 ), pp.145-157. Available: https://www.sid.ir/fa/journal/ViewPaper.aspx?id=467322.