5 SID.ir | تأثير مستندسازي نژادگان و معماري هاي مختلف ژنگاني بر عملکرد روش هاي جنگل تصادفي و بيز آستانه اي A در پيش بيني ژنگاني

مشخصات مقاله

عنوان نشریه: 
 
عنوان مقاله: 

تأثير مستندسازي نژادگان و معماري هاي مختلف ژنگاني بر عملکرد روش هاي جنگل تصادفي و بيز آستانه اي A در پيش بيني ژنگاني

 
نویسندگان: 
 
آدرس:  
* دانشگاه آزاد آستارا
 
چکیده: 
انتخاب ژنگاني (ژنومي) با بهره گيري از مستندسازي (ايمپيوتيشن) مي تواند نقش مهمي در افزايش بهره وري اقتصادي و پيشرفت ژنتيکي صفات آستانه اي ايفا کند. هدف اين تحقيق بررسي درستي مستندسازي و تأثير آن در سطح زير منحني مشخصه ي عملکرد (AUROC) ارزيابي ژنگاني روش هاي بيز آستانه اي A(TBA) و جنگل تصادفي (RF) در ويژگي هاي آستانه اي با معماري هاي مختلف ژنگاني است. داده هاي ژنگاني براي سطوح متفاوت وراثت پذيري (1/0 و 3/0)، سطوح مختلف LD (135/0 و 295/0) و شمار متفاوت جايگاه هاي ويژگي هاي کمي (108 و 1080) روي کروموزم 27 کروموزم همانند سازي شدند. براي همانندسازي شرايط واقعي براي هر پيش فرض (سناريو)، از بين 54 هزار نشانگر همانندسازي شده به طور تصادفي اقدام به حذف 50 درصد و 90 درصد نشانگرها کرده و در مرحله ي بعد با مستندسازي اقدام به پيش بيني نژادگان (ژنوتيپ) نشانگرها کرده و درستي مستندسازي ارزيابي شد. در گام آخر، نژادگان هاي اصلي و مستند شده با استفاده از روش TBA و RF براي ارزيابي AUROC استفاده شدند. با افزايش سطح LD و کاهش ميزان حذف نشانگرها، درستي مستندسازي بهبود يافت. ميانگين AUROC پيش فرض هاي همانندسازي شده براي جنگل تصادفي و TBA به ترتيب 64/0 و 66/0 بود. استفاده از نژادگان هاي مستند شده با ميزان حذف 50 درصد و 90 درصد، به ترتيب AUROC را به ميزان 013/0 و 02/0 براي RF و 018/0 و 026/0 براي TBA کاهش داد. به رغم AUROC بالاي روش بيز آستانه اي A در پيش فرض هاي مختلف، روش جنگل تصادفي عملکرد بهتري در شمار بالاي QTL نشان داد. به طورکلي استفاده از نژادگان هاي مستند شده (k5) مي تواند راهکار مهمي براي کاهش هزينه هاي ارزيابي ژنگاني باشد.
 
كلید واژه: 

 
موضوعات مرتبط: 
-
 
ارجاعات: 
  • ندارد
 
 
مقالات نشریه ای مرتبط: 
 
مقالات همایشی مرتبط: 
 

  چکیده انگلیسی بازدید یکساله 21
 
 
آخرین های بلاگ
ورود به بلاگ مرکز اطلاعات علمی