تأثير اسناد کردن و تراکم نشانگري در بهبود درستي ارزيابي هاي ژنگاني

پرنا ناهيد; نجاتي جوارمي اردشير; صادقي مصطفي; عبدالهي آرپناهي رستم

مشخصات مقاله

عنوان نشریه:

علوم دامي ايران ( علوم كشاورزي ايران) : بهار 1397 , دوره 49 , شماره 1 #r00388 ; از صفحه 73 تا صفحه 81 .

عنوان مقاله:

تأثير اسناد کردن و تراکم نشانگري در بهبود درستي ارزيابي هاي ژنگاني

نویسندگان:

پرنا ناهيد, نجاتي جوارمي اردشير, صادقي مصطفي*, عبدالهي آرپناهي رستم

آدرس:

* پرديس کشاورزي و منابع طبيعي، دانشگاه تهران، کرج

چکیده:

با دسترسي به اطلاعات نشانگرهاي تک نوکلئوتيدي (SNP )، پيش بيني شايستگي ژنتيکي افراد بدون اطلاعات پديدگاني (فنوتيپي) با استفاده از ارزيابي ژنگاني (ژنومي) امکان پذير شده است. ليکن، استفاده از تراشه (چيپ) هاي متراکم براي ارزيابي همه ي افراد جمعيت مقرون به صرفه نيست. براي دستيابي به بيشترين بازدهي در بررسي هاي ژنگاني مي توان گروهي از حيوان ها را با تراشه هاي با تراکم بالا و ديگر افراد را با تراشه هاي کم تراکم تعيين نژادگان (ژنوتيپ) کرد، سپس آن ها را به تراکم بالا اسناد (ايمپيوت) کرد. در اين بررسي، تأثير سه تراشه ي کم تراکم (1k، 2k و 4k)، اسناد شده به تراکم بالاي 10k و رابطه ي خويشاوندي بين جمعيت مرجع و جمعيت هاي تأييد بر درستي ارزيابي ژنگاني و نيز همبستگي ارزش هاي اصلاحي برآورد شده در تراشه هاي مختلف با استفاده از داده ي همانند سازي شده، بررسي شد. براي ساختن تراشه هاي کم تراکم، 10، 20 و 40 درصد از نشانگرهاي 10k به صورت تصادفي انتخاب شدند. اسناد کردن (ايمپيوتيشن) با استفاده از نرم افزار FImpute صورت گرفت. به طورکلي با افزايش تراکم نشانگري، همبستگي بين ارزش هاي اصلاحي برآورد شده به دست آمده از تراشه هاي مختلف افزايش پيدا کرد. به گونه اي که، درستي ارزيابي ژنگاني تراشه ي کم تراکم 4k و تراشه ي متراکم 10k همسان بودند. همچنين پس از اسناد کردن نژادگان هاي تراشه ي 4k به 10k، تفاوتي بين درستي ارزيابي هاي ژنگاني ايجاد نشد. با افزايش فاصله ي جمعيت مرجع و جمعيت هاي تأييد، درستي اسناد کردن کاهش يافت.

كلید واژه:

رابطه ي خويشاوندي(Q1)نشانگر(Q1)همانند سازي(Q1)