تأثير اسناد کردن و تراکم نشانگري در بهبود درستي ارزيابي هاي ژنگاني

پرنا ناهيد; نجاتي جوارمي اردشير; صادقي مصطفي; عبدالهي آرپناهي رستم

مشخصات مقاله

عنوان نشریه:

علوم دامي ايران ( علوم كشاورزي ايران)

اطلاعات شماره:

بهار 1397 , دوره 49 , شماره 1 ; از صفحه 73 تا صفحه 81 .

عنوان مقاله:

تأثير اسناد کردن و تراکم نشانگري در بهبود درستي ارزيابي هاي ژنگاني

نویسندگان:

پرنا ناهيد, نجاتي جوارمي اردشير, صادقي مصطفي*, عبدالهي آرپناهي رستم

آدرس:

* پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج

چکیده:

با دسترسي به اطلاعات نشانگرهاي تک نوکلئوتيدي (SNP )، پيش بيني شايستگي ژنتيکي افراد بدون اطلاعات پديدگاني (فنوتيپي) با استفاده از ارزيابي ژنگاني (ژنومي) امکان پذير شده است. ليکن، استفاده از تراشه (چيپ) هاي متراکم براي ارزيابي همه ي افراد جمعيت مقرون به صرفه نيست. براي دستيابي به بيشترين بازدهي در بررسي هاي ژنگاني مي توان گروهي از حيوان ها را با تراشه هاي با تراکم بالا و ديگر افراد را با تراشه هاي کم تراکم تعيين نژادگان (ژنوتيپ) کرد، سپس آن ها را به تراکم بالا اسناد (ايمپيوت) کرد. در اين بررسي، تأثير سه تراشه ي کم تراکم (1k، 2k و 4k)، اسناد شده به تراکم بالاي 10k و رابطه ي خويشاوندي بين جمعيت مرجع و جمعيت هاي تأييد بر درستي ارزيابي ژنگاني و نيز همبستگي ارزش هاي اصلاحي برآورد شده در تراشه هاي مختلف با استفاده از داده ي همانند سازي شده، بررسي شد. براي ساختن تراشه هاي کم تراکم، 10، 20 و 40 درصد از نشانگرهاي 10k به صورت تصادفي انتخاب شدند. اسناد کردن (ايمپيوتيشن) با استفاده از نرم افزار FImpute صورت گرفت. به طورکلي با افزايش تراکم نشانگري، همبستگي بين ارزش هاي اصلاحي برآورد شده به دست آمده از تراشه هاي مختلف افزايش پيدا کرد. به گونه اي که، درستي ارزيابي ژنگاني تراشه ي کم تراکم 4k و تراشه ي متراکم 10k همسان بودند. همچنين پس از اسناد کردن نژادگان هاي تراشه ي 4k به 10k، تفاوتي بين درستي ارزيابي هاي ژنگاني ايجاد نشد. با افزايش فاصله ي جمعيت مرجع و جمعيت هاي تأييد، درستي اسناد کردن کاهش يافت.

کلید واژه:

رابطه ي خويشاوندي(Q1)نشانگر(Q1)همانند سازي(Q1)

چارک 1 این موضوع در حوزۀ علمی خود، در چارک اول تازگی است.
یعنی استقبال پژوهشگران از این موضوع خیلی زیاد است.
چارک 2 این موضوع در حوزۀ علمی خود، در چارک دوم تازگی است.
یعنی استقبال پژوهشگران از این موضوع زیاد است.
چارک 3 این موضوع در حوزۀ علمی خود، در چارک سوم تازگی است.
یعنی استقبال پژوهشگران از این موضوع کم است.
چارک 4 این موضوع در حوزۀ علمی خود، در چارک چهارم تازگی است.
یعنی استقبال پژوهشگران از این موضوع خیلی کم است.

موضوعات مرتبط:

Aflp Rapd Ssr اخلاق در پژوهش پژوهش های پزشکی حوزه آبخیز کرج کمیته اخلاق نشانگر مولکولی نشانگرهای مولکولی همانندسازی

مقالات نشریه ای مرتبط:

مقالات همایشی مرتبط:

مقالات بین المللی مرتبط:

ارتباط خیلی زیاد ارتباط زیاد مرتبط ارتباط کمتر

ارجاعات:

ثبت نشده است

استنادات:

ثبت نشده است

+جهت ارجاع به این مقاله کلیک کنید(Cite).

APA : کپی

پرنا، ن.، و نجاتی جوارمی، ا.، و صادقی، م.، و عبدالهی آرپناهی، ر. (1397). تأثیر اسناد کردن و تراکم نشانگری در بهبود درستی ارزیابی های ژنگانی. علوم دامی ایران ( علوم کشاورزی ایران), 49(1 ), 73-81. https://www.sid.ir/fa/journal/ViewPaper.aspx?id=467307

Vancouver : کپی

پرنا ناهید، نجاتی جوارمی اردشیر، صادقی مصطفی، عبدالهی آرپناهی رستم. تأثیر اسناد کردن و تراکم نشانگری در بهبود درستی ارزیابی های ژنگانی. علوم دامی ایران ( علوم کشاورزی ایران). 1397 [cited 2022January25];49(1 ):73-81. Available from: https://www.sid.ir/fa/journal/ViewPaper.aspx?id=467307

IEEE : کپی

پرنا، ن.، نجاتی جوارمی، ا.، صادقی، م.، عبدالهی آرپناهی، ر.، 1397. تأثیر اسناد کردن و تراکم نشانگری در بهبود درستی ارزیابی های ژنگانی. علوم دامی ایران ( علوم کشاورزی ایران), [online] 49(1 ), pp.73-81. Available: https://www.sid.ir/fa/journal/ViewPaper.aspx?id=467307.