زعفران يکي از با ارزش ترين گياهان دارويي و ادويه اي در جهان است. با وجود قدمت کشت طولاني اين گياه در کشور، مطالعات اصلاحي محدودي به واسطه توليدمثل غيرجنسي اين گياه انجام شده است. به منظور ارزيابي تنوع ژنتيکي ژرم پلاسم زعفران ايران، 65 نمونه مختلف زعفران از نواحي عمده کشت در خراسان شامل تربت حيدريه، گناباد، مه ولات، قائنات و فردوس جمع آوري و از طريق نشانگرهاي مولکولي مورد مطالعه قرار گرفت. آغازگرهاي RAPD و ISSR به کار رفته به ترتيب 43 و 122 مکان نشانگري و در مجموع 165 مکان نشانگري چندشکل با ميانگين 7.5 نشانگر به ازاي هر آغازگر توليد نمودند. شاخص تنوع در دامنه 0.7 تا 0.36 با ميانگين 0.23 به دست آمد. همچنين شاخص نشانگري با ميانگين 0.16 در دامنه 0.7 تا 0.24 متغير بود. نمونه هاي مربوط به نواحي قائنات و مه ولات به ترتيب داراي بيشترين (83.03 درصد) و کمترين (52.73 درصد) چندشکلي بودند. گروه بندي نمونه هاي زعفران مورد مطالعه با استفاده از تجزيه خوشه اي نشان داد که چهار گروه متمايز حاصل با محل هاي جمع آوري آن ها مطابقت کمي داشتند، درحالي که گروه بندي مولکولي مناطق کشت زعفران تطابق نسبتا مناسبي با فواصل جغرافيايي مربوطه داشت. به طورکلي، نتايج تجزيه مولکولي در اين مطالعه حاکي از وجود تنوع ژنتيکي در بين نمونه هاي زعفران ايران بود. از اين رو، اميد مي رود از طريق گزينش کلون هاي برتر، پيشرفت هايي از نظر بهبود عملکرد کمي و کيفي زعفران حاصل شود.