برای اطلاع از آخرین مقالات علمی و اخبار کرونا(COVID-19) کلیک کنید

مشخصات مقاله

عنوان نشریه: 
 
اطلاعات شماره: 
 
عنوان مقاله: 

طبقه بندي و آناليز شباهتي پايگاه مولکولي Binding-DB: بررسي کاربرد مدل هاي طبقه بندي چند منظوره براي استخراج قوانين تجمعي عمومي از پايگاه هاي بزرگ مولکولي

 
نویسندگان: 
 
آدرس:  
* گروه مهندسی پزشکی، کمیته تحقیقات دانشجویی، دانشکده فن آوری‌های نوین علوم پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، اصفهان، ایران
 
چکیده: 

مقدمه: در اين مطالعه، با استفاده از ترکيبي از روش هاي کاهش بعد داده و طبقه بندي، ويژگي هاي مواد دارويي مورد بررسي قرار گرفت. تعريف و آماده سازي مولکول هاي «غير فعال» براي توسعه مدل هاي تفکيکي دوتايي (Two-class classifier) يکي از مشکلات عمده در مسير استفاده از مدل هاي تفکيکي بر پايه ليگاند در روند طراحي سيستماتيک دارو مي باشد. از اين رو، با استفاده از مولکول هاي «فعال» موجود در پايگاه Binding-DB، به توسعه مدل هاي تفکيکي چند متغيره چند منظوره پرداخته شد.
روش ها: به اين منظور، در حدود 160372 ريز مولکول براي 45 هدف دارويي مختلف از پايگاه مولکولي
Binding-DB دانلود شد و پس از بهينه سازي ساختار، 1497 ويژگي فيزيکي و شيميايي براي هر مولکول استخراج گرديد. با استفاده از الگوريتم Apriori و ترکيب آن با روش طبقه بندي تفکيکي خطي (Linear discriminant analysis)، ويژگي هاي مولکولي براي هر هدف دارويي به منظور تفکيک مولکول هاي فعال استخراج شد.
يافته ها: در نهايت، با استفاده از غربالگري مجازي در پايگاه داده هاي مولکولي
Zinc و Binding-DB و محاسبه سطح زير نمودار Receiver operating characteristic( ROC) صحت و حساسيت طبقه بندي مورد بررسي قرار گرفت. ميزان سطح زير نمودار ROC براي هر بهينه سازي پايگاه Zinc به طور ميانگين برابر با 0.8341±0.1495 و در پايگاه Binding-DB به طور ميانگين برابر با 0.8615±0.1502 بود.
نتيجه گيري: مي توان با استفاده از الگوريتم ارايه شده، ويژگي هايي براي هر دسته از ريز مولکول هاي مرتبط با هر هدف دارويي استخراج کرد و پايگاه هاي مولکولي مختلف را براي هر هدف دارويي بهينه سازي کرد. سطح زير نمودار
ROC براي دو پايگاه مولکولي مورد بررسي نشان مي دهد که روش ارايه شده، روش مفيدي براي طبقه بندي پايگاه هاي بزرگ مولکولي بدون استفاده از ريز مولکول هاي غير فعال مي باشد.

 
کلید واژه: 

 
موضوعات مرتبط: 
-
 
ارجاعات: 
 
 
مقالات نشریه ای مرتبط:  
 
مقالات همایشی مرتبط: 
 
ارتباط خیلی زیاد ارتباط زیاد مرتبط ارتباط کمتر
 
جهت ارجاع به این مقاله کلیک کنید(Cite).
APA : کپی

مختاری، م.، و مانی ورنوسفادرانی، ا. (1396). طبقه بندی و آنالیز شباهتی پایگاه مولکولی Binding-DB: بررسی کاربرد مدل های طبقه بندی چند منظوره برای استخراج قوانین تجمعی عمومی از پایگاه های بزرگ مولکولی. مجله دانشکده پزشکی اصفهان, 35(426), 400-405. https://www.sid.ir/fa/journal/ViewPaper.aspx?id=298004



Vancouver : کپی

مختاری مرضیه، مانی ورنوسفادرانی احمد. طبقه بندی و آنالیز شباهتی پایگاه مولکولی Binding-DB: بررسی کاربرد مدل های طبقه بندی چند منظوره برای استخراج قوانین تجمعی عمومی از پایگاه های بزرگ مولکولی. مجله دانشکده پزشکی اصفهان. 1396 [cited 2021May11];35(426):400-405. Available from: https://www.sid.ir/fa/journal/ViewPaper.aspx?id=298004



IEEE : کپی

مختاری، م.، مانی ورنوسفادرانی، ا.، 1396. طبقه بندی و آنالیز شباهتی پایگاه مولکولی Binding-DB: بررسی کاربرد مدل های طبقه بندی چند منظوره برای استخراج قوانین تجمعی عمومی از پایگاه های بزرگ مولکولی. مجله دانشکده پزشکی اصفهان, [online] 35(426), pp.400-405. Available: https://www.sid.ir/fa/journal/ViewPaper.aspx?id=298004.



 

 
چکیده انگلیسی بازدید یکساله 91 مباني نظري و تجربي ونداليسم: مروري بر يافته هاي يك تحقيق
 
آخرین های بلاگ
ورود به بلاگ مرکز اطلاعات علمی