در اين مقاله راه حل هاي احتمالاتي مساله انطباق ساختار سوم پروتئين و تفاوت آن با الگوريتم هاي قطعي مطالعه و بررسي مي شود. براي اين منظور دو مدل احتمال بيزي معرفي و راه حلي در خصوص اضافه کردن اطلاعات توالي و نوع اسيد آمينه (ساختار اول) به آن ارائه خواهد شد. همچنين نحوه برآورد پارامترهاي انطباق به کمک الگوريتم مونت کارلوي زنجير مارکف و نمونه گيري از توزيع پسين معرفي مي شود. در نهايت نحوه کاربست اين روش ها در انطباق پروتئين ها نشان داده شد و برآورد پارامترها در مدل هاي متفاوت براي يک مجموعه داده واقعي ارزيابي و مقايسه خواهد شد.