قارچ ماكروفومينا يك بيمارگر خاك زاد و عامل بيماري پوسيدگي ذغالي، با پراكنش جهاني و دامنه ميزباني بيش از 500 گونه گياهي مي باشد. جهت بررسي تنوع ژنتيكي و اختصاصيت ميزباني اين قارچ در ايران از گياهان داراي علايم و نشانه هاي بيماري از استان هاي تهران، قزوين، گرگان، سمنان، خراسان، همدان، آذربايجان شرقي، زنجان، خوزستان، مركزي، فارس،كهكيلويه و بوير احمد، اصفهان، يزد، كرمان و هرمزگان طي سال هاي 86 و 87 نمونه برداري شد. پس از جداسازي و خالص سازي قارچ، 52 جدايه از 24 ميزبان و از 12 استان جداسازي و با استفاده از خصوصيات ظاهري و آغازگر اختصاصي گونه شناسايي شدند. تنوع ژنتيكي جدايه ها با استفاده از نشانگر ISSR بررسي شد. از ميان 9 آغازگر مورد استفاده، 6 آغازگر داري وضوح، تكرارپذيري و تعداد باندهاي پليمورفيك بودند و در آناليزهاي بعدي مورد استفاده قرار گرفتند. تجزيه و تحليل خوشه اي داده هاي حاصل از الگوي باندي مربوط به تلفيق آغازگرها با استفاده از ضريب تشابه جاكارد و روش UPGMA، در سطح تشابه 60 درصد، جدايه ها را در چهار گروه قرار داد. گروه اول شامل 5.76 درصد جدايه ها شامل جدايه هاي شاهدانه از كاشان و اصفهان بود. گروه دوم شامل 68.53 درصد جدايه ها بود. هر سه جدايه كيوي، تمام جدايه هاي سويا، جدايه خربزه، جدايه زيتون، ذرت و باميه در كنار هم در داخل اين گروه قرار گرفتند. كنار هم قرار گرفتن همه جدايه هاي گلستان از ميزبان هاي ذرت، سورگوم، كيوي، سويا و گل جعفري با 64 درصد تشابه و همچنين جدايه هاي قزوين از ميزبان هاي كدو و گوجه فرنگي با 100 درصد تشابه در اين گروه ممكن است به علت نزديكي منشا جغرافيايي آنها باشد. گروه سوم شامل 13.47درصد جدايه شامل جدايه هاي بقولات و كدوييان و بيشتر از مناطق خشك بودند. دو جدايه ماش كرمان با 88 درصد تشابه در كنار هم داخل اين گروه قرار گرفتند. جدايه هاي خيار قم، خيار تهران-كرج، طالبي كاشان، لوبياي قزوين، لوبياي خراسان با 75 درصد تشابه در كنار هم در اين گروه قرار گرفتند. گروه چهارم شامل 19.23درصد جدايه شامل خانواده سيب زميني، بقولات و كدوييان بود و فاقد گروه بندي جغرافيايي بودند. جدايه طالبي فارس و طالبي خراسان با 60 درصد تشابه و گوجه فرنگي قم و بادمجان هرمزگان با 66 درصد تشابه و جدايه هاي كنجد كرمان و كنجد كاشان با 90 درصد تشابه و سه جدايه آفتابگردان از مركزي، فارس و خوزستان با 61 درصد تشابه در اين گروه قرار گرفتند. نتايج ما بر اساس اين نشانگر نشان مي دهد كه تنوع ژنتيكي اين قارچ در بين ميزبان ها و مکان هاي مختلف جغرافيايي زياد است، تا حدي که در برخي ميزبان ها اين اختلاف يا تنوع منجر به اختصاصيت ميزبان شده است به طوري که مي تواند با استفاده از اين نشانگر رديابي شود.