ارزیابی مقایسه ای روش های Boosting، SS-GBLUP و SS-BayesA: با در نظرگرفتن ایمپیوتیشن داده های ژنومی

نادری یوسف; استقامت اورنگ

مشخصات مقاله

عنوان نشریه:

ژنتيك نوين

اطلاعات شماره:

زمستان 1398 , دوره 14 , شماره 4 ; از صفحه 357 تا صفحه 366 .

عنوان مقاله:

ارزیابی مقایسه ای روش های Boosting، SS-GBLUP و SS-BayesA: با در نظرگرفتن ایمپیوتیشن داده های ژنومی

نویسندگان:

نادری یوسف*, استقامت اورنگ

آدرس:

* گروه علوم دامی، باشگاه پژوهشگران جوان و نخبگان، دانشگاه آزاد آستارا، آستارا، ایران

چکیده:

امروزه جهت غلبه بر محدودیت ژنوتایپینگ برخی از حیوانات، مدل های تک مرحله ای پیشنهاد شدند. مدل های پیش بینی ژنومی تک مرحله ای با توجه به عملکرد بالا و برآورد ارزش اصلاحی ژنومی هم زمان برای حیوانات ژنوتیپ شده و نشده، تبدیل به ابزاری غالب در ارزیابی ژنومی دام های اهلی شدند. هدف از تحقیق حاضر، بررسی نقش روابط خویشاوندی ژنومی بین جمعیت مرجع و تأیید و معماری های مختلف ژنومی بر عملکرد روش های بوستینگ و تک مرحله ای بیز A و GBLUP با در نظر گرفتن ایمپیوتیشن (Imputation) داده های ژنومی شبیه سازی شده بود. بدین منظور، جمعیت های ژنومی برای سطوح مختلف تعداد جایگاه های صفات کمی (10، 100 و 1000) بر روی 29 کروموزم شبیه سازی شدند. برای شبیه سازی شرایط واقعی، به طور تصادفی اقدام به حذف (70 درصد) برخی نشانگرها نموده و در مرحله بعد از طریق نرم افزار Flmpute اقدام به ایمپیوتیشن و پیش بینی نقاط گم شده نموده و صحت ایمپیوتیشن مورد ارزیابی قرار گرفت. در نهایت دادهای اصلی و ایمپیوتیشن با استفاده از روش های بوستینگ و تک مرحله ای بیز A و تک مرحله ای GBLUP جهت پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی طی نسل های G1 و G3 مورد ارزیابی قرار گرفتند. بر طبق نتایج، صحت پیش بینی ژنومی برای افراد ژنوتیپ نشده در مقایسه با افراد ژنوتیپ شده با شدت بیشتری تحت تاثیر روابط خویشاوندی بین جمعیت مرجع و تأیید در هر دو سری داده ایمپیوتیشن و اصلی قرار گرفت. کمترین میزان صحت پیش بینی ژنومی برای افراد ژنوتیپ شده در هر دو سری داده ایمپیوتیشن و اصلی برای روش بوستینگ مشاهده شد. در مقایسه با روش های تک مرحله ای بیز A و بوستینگ، روش تک مرحله ای GBLUP عملکرد بالاتری در تعداد بالای QTL نشان داد. به طور کلی وجود روابط خویشاوندی بین جمعیت مرجع و تائید نقش مهمی در آنالیز روش های تک مرحله ای و Boosting ایفا کرد، با این حال سودمندی روش تک مرحله ای بیز A هنگامی که صفات تحت تاثیر تعداد کمتر QTL قرار گیرند، مشهودتر بود.

کلید واژه:

انتخاب ژنومی روابط خویشاوندی ژنومی روش تک مرحله ای صحت ژنومی یادگیری ماشین

موضوعات مرتبط:

مقالات نشریه ای مرتبط:

مقالات همایشی مرتبط:

ندارد

طرح های مرتبط:

مقالات بین المللی مرتبط:

No item.

ارتباط خیلی زیاد ارتباط زیاد مرتبط ارتباط کمتر

ارجاعات:

ثبت نشده است

استنادات:

ثبت نشده است

+جهت ارجاع به این مقاله کلیک کنید(Cite).

APA : کپی

نادری، ی.، و استقامت، ا. (1398). ارزیابی مقایسه ای روش های Boosting, SS-GBLUP و SS-BayesA: با در نظرگرفتن ایمپیوتیشن داده های ژنومی. ژنتیک نوین, 14(4 ), 357-366. https://www.sid.ir/fa/journal/ViewPaper.aspx?id=546317

Vancouver : کپی

نادری یوسف، استقامت اورنگ. ارزیابی مقایسه ای روش های Boosting, SS-GBLUP و SS-BayesA: با در نظرگرفتن ایمپیوتیشن داده های ژنومی. ژنتیک نوین. 1398 [cited 2022May23];14(4 ):357-366. Available from: https://www.sid.ir/fa/journal/ViewPaper.aspx?id=546317

IEEE : کپی

نادری، ی.، استقامت، ا.، 1398. ارزیابی مقایسه ای روش های Boosting, SS-GBLUP و SS-BayesA: با در نظرگرفتن ایمپیوتیشن داده های ژنومی. ژنتیک نوین, [online] 14(4 ), pp.357-366. Available: https://www.sid.ir/fa/journal/ViewPaper.aspx?id=546317.