برای اطلاع از آخرین مقالات علمی و اخبار کرونا(COVID-19) کلیک کنید

مشخصات مقاله

عنوان نشریه: 
 
اطلاعات شماره: 
 
عنوان مقاله: 

بررسي مقايسه اي ترنسکريپتوم برگ برنج تحت شرايط کنترل و تنش خشکي با استفاده از داده هاي EST

 
نویسندگان: 
 
آدرس:  
* پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج
 
چکیده: 

برنج غذاي اصلي بيش از نيمي از جمعيت جهان به ويژه کشورهاي در حال توسعه است و خشکي مهمترين عامل کاهش عملکرد برنج در آسيا مي باشد. اين تحقيق به منظور شناسايي ژن هاي پاسخ دهنده به تنش خشکي با کمک تجزيه و تحليل اطلاعات EST دو کتابخانه برگ برنج انجام شد. داده هاي کتابخانه هاي EST در شرايط شاهد و تنش خشکي، از پايگاه داده NCBI دريافت و با استفاده از نرم افزار EGassembler ويرايش، دسته بندي و هم گذاري شدند. توالي هاي کانتيگ و سينگلتون به دست آمده به عنوان الگو براي جستجوي بلاست x در بانک توالي پروتيين برنج و انتساب گروه عملکردي با استفاده از نرم افزار CLC Genomic Workbench و AgriGO به کار برده شدند. پروتئين هاي شناسايي شده در کتابخانه هاي شاهد و خشکي به ترتيب در70 و 82 گروه کارکردي مختلف قرار گرفتند. براي شناسايي تفاوت هاي معني دار بين گروه هاي کارکردي در کتابخانه هاي شاهد و تنش خشکي از نرم افزار IDEG6 استفاده شد. بررسي هستي شناسي ژن ها، تفاوت معني دار در 20 گروه عملکردهاي مولکولي، 35 گروه فرايندهاي زيستي و 12 گروه اجزاي درون سلول را آشکار ساخت. به منظور تعيين بيان افتراقي ژن ها بين دو کتابخانه، 4012 EST داراي کد Unigene با استفاده از الگوريتم پياده سازي شده در نرم افزار MATLAB انتخاب و با استفاده از نرم افزار IDEG6 تفاوت معني دار بين 42 ژن تحت تنش خشکي نسبت به شاهد، مشاهده شد (31 ژن افزايش و 11 ژن کاهش بيان). ژن هاي افزايش بيان يافته، در پاسخ به تنش هاي محيطي و اکسيداتيو، برقراري هموستازي، پروتئوليز و گليکوليز نقش داشته و ژن هاي مربوط به فتوسنتز کاهش بيان نشان دادند.

 
کلید واژه: 

 
موضوعات مرتبط: 
 
 
مقالات نشریه ای مرتبط:  
 
مقالات همایشی مرتبط: 
 
ارتباط خیلی زیاد ارتباط زیاد مرتبط ارتباط کمتر
 
ارجاعات: 
  • ثبت نشده است
 
استنادات: 
  • ثبت نشده است
 
+جهت ارجاع به این مقاله کلیک کنید(Cite).
APA : کپی

حیدری، م.، و شبر، ز.، و کوباز، پ.، و حیدری، م. (1395). بررسی مقایسه ای ترنسکریپتوم برگ برنج تحت شرایط کنترل و تنش خشکی با استفاده از داده های EST. زیست فناوری گیاهان زراعی, 5(14), 1-15. https://www.sid.ir/fa/journal/ViewPaper.aspx?id=284261



Vancouver : کپی

حیدری منظر، شبر زهراسادات، کوباز پریسا، حیدری محمدجواد. بررسی مقایسه ای ترنسکریپتوم برگ برنج تحت شرایط کنترل و تنش خشکی با استفاده از داده های EST. زیست فناوری گیاهان زراعی. 1395 [cited 2021September20];5(14):1-15. Available from: https://www.sid.ir/fa/journal/ViewPaper.aspx?id=284261



IEEE : کپی

حیدری، م.، شبر، ز.، کوباز، پ.، حیدری، م.، 1395. بررسی مقایسه ای ترنسکریپتوم برگ برنج تحت شرایط کنترل و تنش خشکی با استفاده از داده های EST. زیست فناوری گیاهان زراعی, [online] 5(14), pp.1-15. Available: https://www.sid.ir/fa/journal/ViewPaper.aspx?id=284261.



 

 
چکیده انگلیسی بازدید یکساله 93 مباني نظري و تجربي ونداليسم: مروري بر يافته هاي يك تحقيق
 
آخرین های بلاگ
ورود به بلاگ مرکز اطلاعات علمی