اصوليان و فقها در نشان دادن اينكه دو علم اصول و فقه دانش هاي مستقل و داراي هويت معرفتي معيني هستند، بايد آنها را با الگوي خاصي از علم شناسي انطباق دهند. مهمترين مساله در علم شناسي، ملاك وحدت بخش و تمايز دهنده مسايل علم است. تنها الگوي علم شناسي فقها و اصوليان، علم شناسي منطقي موضوع محور ارسطوئيان است. اين نشان دادن موضوع علم اصول و بيان اينكه مسايل اصول، عرضي ذاتي ان موضوع است، نزاعهاي فراوان و مباحث چالش برانگيزي را به ميان مي اورد. موضع اصوليان در قريب به ده قرن، نشان دادن انطباق پذيري اصول با الگوي علم شناسي ارسطوييان و رفع تكلف آميز معظلات ناشي از ان بود. خراساني الگوي ارسطويي علم شناسي را مورد نقد قرار داد و به جاي آن الگوي علم شناسي غايت محور رابه ميان آورد. كساني چون خويي و طباطبايي با نظريه تفصيلي، علوم حقيقي را از علوم اعتباري متمايز مي كنند و تنها در علوم حقيقي به علم شناسي ارسطويي پاي بند مي شوند و درعلوم اعتباري مبناي خراساني را مي پذيرند. امام خميني رشد تاريخي علوم را مهمترين دليل بر عدم انطباق همه علوم - اعم از حقيقي و اعتباري - بر الگوي ارسطويي مي داند. اين بصيرت تاريخي، الگوي جديد علم شناسي را به ميان مي آورد.