برای اطلاع از آخرین مقالات علمی و اخبار کرونا(COVID-19) کلیک کنید

مشخصات مقاله

عنوان نشریه: 
 
اطلاعات شماره: 
پاييز 1382 , دوره  10 , شماره  35 ; از صفحه 469 تا صفحه 476 .
 
عنوان مقاله: 

بررسي تمايل مجاورت اسيدهاي آمينه با يكديگر در مارپيج هاي آلفا

 
نویسندگان: 
 
آدرس:  
* مرکز تحقیقات بیوشیمی بیوفیزیک، گروه بیوفیزیک، دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی تهران، تهران، ایران
 
چکیده: 
به منظور بررسي تمايل اسيدهاي آمينه مجاور (دوتايي) در ساختمانهاي دوم از نوع مارپيچ آلفا، مكانهاي مورد مطالعه در مارپيچ آلفا بدين شكل انتخاب شدند: N,Ncap,NI,N2,N3,N4,C3,C2,C1,Ccap,C, در اين مكانها تواليهاي دوتايي مورد بررسي عبارت بودند از N1N2, N2N3, N3N3, N3N4, M1M2, M2M3, C4C3, C3C2, C2C1, C1Ccap, CcapCترجيح قرار گرفتن هر اسيد آمينه در هر جايگاه مارپيچ آلفا و ترجيح قرار گرفتن 400 توالي دوتايي درجايگاههاي دوتايي مختلف مارپيچ آلفا محاسبه ومقايسه شد، بدين منظور يك بانك اطلاعاتي از مارپيچ آلفا با 3705 مارپيچ طراحي شد و مورد استفاده قرار گرفت. در اين بانك مارپيچ‌ها حداقل داراي 7 اسيد آمينه بوده واز مجموعه 696 پروتئين با تشابه كمتر از 25% تشكيل شده بودند. Single local propensity SLP براي همه 20 اسيد آمينه در جايگاه هاي مختلف مارپيچ آلفا محاسبه گرديد. علاوه بر اين observed Doublet Local propensity DLPO كه براساس تكرار اسيدهاي آمينه دوتايي استوار است و Expected Doublet local propensity DIPe كه به طور مستقيم از روي SLP اندازه گيري ميشود نيز محاسبه شد. هرگاه ترجيح قرار گرتفن يك جفت اسيد آمينه معين در جايگاه دوتايي خاص از مارپيچ آلفا DLPO بيش از ترجيح محاسبه شده توسط حاصل ضرب جايگاه هاي تكي در مارپيچ آلفا DLPe باشد يا به عبارت ديگردر صورتي كه dlpo>>dlpe باشد. اين مسئله تمايل 2 اسيد امينه خاص را در مجاورت با يكديگر در آن جايگاه از مارپيچ آلفا نشان مي دهد. نتايج حاصل نشان داد كه تواليها يا دوتايي كه در آنها DLPE>>DLPE مي باشد عبارتند از: Met-Thr در مكان Glu-pro, N Ncap در مكان Pro-Arg, NcapN1 درمكان N1N2 و Lys-His درمكان Thr-Gly, C2C1 در مكان C1Ccap و در نهايت Gin- pro در مكان Ccap علاوه بر اين اسيد آمينه Gly درمكان Ccap با تمايل زيادي همراه اسيد آمينه هاي يدروفوب در مكان C مشاهده ميشود. بررسي تمايل مجاورت اسيدهاي آمينه در مارپيچهاي آلفا، مي‌تواند در طراحي مارپيچهاي آلفاي جديد موجود در پروتئينها و ايجاد تغييرات مورد نظر رد مارپيچهاي مورد استفاده قرار گيرد.
 
کلید واژه: 

 
موضوعات مرتبط: 
 
ارجاعات: 
  • ندارد
 
 
مقالات نشریه ای مرتبط: 
 
مقالات همایشی مرتبط: 
 

  بازدید یکساله 82
 
 
آخرین های بلاگ
ورود به بلاگ مرکز اطلاعات علمی