طبق مطالعات پلانكتوني انجام شده طي 12 ماه نمونه برداري از اعماق مختلف درياچه سد ماكو در سال 1377، بيشترين تراكم فيتوپلانكتوني مربوط به فصل تابستان و حداكثر جمعيت زئوپلانكتوني مربوط به فصل پاييز مي باشد.
غالبيت فيتوپلانكتوني در اين سد مخزني با شاخه كريزوفيتا بوده كه 76 درصد جمعيت سالانه را دارا بودند و نمونه هاي غالب آن گونهDiatoma vulgare, Synedra ulna ، Cyclotella menenghiniana مي باشند. شاخه كلروفيتا با گونه هاي Scenedesmus،bijuga و S.bijugatus در رده دوم قرار دارد. ساير شاخه هاي فيتوپلانكتوني كه از درصد جمعيتي كمتري برخوردارند، عبارت از سيانوفيتا، با گونه Oscillatoria limosa، اوگلنوفيتا با گونه Euglena sp. و پيروفيتا با گونه Ceratium hirdinella مي باشند.
بيشترين جمعيت زئوپلانكتوني نيز مربوط به شاخه روتاتوريا با 74 درصد جمعيت سالانه بوده پس از آن شاخه بند پايان قرار دارد. بيشترين جمعيت مشاهده شده زئوپلانكتوني مربوط به گونه‌هاي Polyarthera dolicopthera, Synchaeta oblonga و Polyarthera vulgaris از شاخه روتاتوريا و از شاخه بند پايان، راسته كلادوسرا گونه Daphnia longispina و راسته كوپه پودا با گونه هاي Cyclops viridis و C.vicinus در رده هاي بعدي هستند. مقايسه و آناليز داده هاي بدست آمده نشان داده كه تجمع پلانكتون ها در لايه هاي سطحي آب بخصوص عمق 5 متر بيشتر و در اعماق بالاتر از جمعيت آنها كاسته مي گردد.
مشاهدات پلانكتوني و داده هاي فيزيكي و شيميايي نيز بيانگر اين مساله است كه اين مخزن آبي داراي استعداد و گونه هاي مناسب پلانكتوني جهت تغذيه در مراحل لاروي بسياري از ماهيان بوده، اما مي بايست ماهي دار كردن اين سد مخزن با برنامه ريزي مناسب و با توجه به توليدات پلانكتوني انجام گيرد كه در نتيجه آن با كنترل وضعيت غذايي و جلوگيري از آلودگي و رشد و تكثير ماهيان هرز و غير اقتصادي از ذخاير طبيعي اين منبع آبي جهت افزايش توليد ماهيان با ارزش شيلاتي استفاده كرد.